3. De direito
3.1. A questão aqui em apreço – qualificação e efeitos jurídicos do procedimento de prova do preço efectivo na transmissão de imóveis, previstos no artigo 129.º do CIRC (na redacção em vigor em 2007, correspondendo actualmente ao artigo 139.º) – não é nova na jurisprudência do Supremo Tribunal Administrativo, pois sobre ela já se pronunciaram os acórdãos de 6 de Fevereiro de 2013 (processo n.º 0989/12) e de 3 de Dezembro de 2014 (processo n.º 0881/12), em sentido do qual aqui não iremos divergir.

3.2. A factualidade em apreço prende-se com a correcção, no âmbito da determinação da matéria colectável do imposto sobre o rendimento das pessoas colectivas (IRC), do valor de transmissão de direitos reais sobre imóveis prevista no artigo 58.º-A do CIRC (na redacção em vigor em 2007, correspondendo actualmente ao artigo 64.º). Esta medida foi aditada àquele código por ocasião da aprovação e entrada em vigor da reforma da tributação do património (prevista no Decreto-Lei n.º 287/2003, de 12 de Novembro) e dela resultava que “os valores patrimoniais tributários que servissem de base à liquidação do IMT passariam também a constituir o valor mínimo para a determinação do lucro tributável, quer do IRS, rendimentos empresariais, quer do IRC” (v. preâmbulo do Decreto-Lei n.º 287/2003).
Assim, e como se explica no acórdão do STA de 3 de Dezembro de 2014 (processo n.º 0881/12) “a determinação do valor patrimonial tributário dos imóveis, que é obtida através da fórmula prevista no artigo 38.º e seguintes do Código do IMI, e que procura uma aproximação aos valores de mercado com vista a proporcionar maior equidade na tributação do património, tem importantes consequências a nível fiscal, designadamente a nível de tributação do rendimento, particularmente quando o valor de transacção do imóvel diverge do seu valor patrimonial tributário (VPT). Na verdade, pese embora não haja reflexos quando o valor efectivo da transmissão é maior que o valor patrimonial tributário (dado que é o valor efectivo da transmissão a base fiscal para o IMT, o IRS, e o IRC – cfr. arts. 12.º do CIMT, 31.º-A do CIRS e 58.º-A do CIRC), já assim não acontece quando o valor efectivo da transmissão é inferior ao que posteriormente vier a ser fixado como VPT, com a agravante de que este valor patrimonial tributário definitivo pode ser apenas conhecido e/ou fixado num exercício fiscal diferente daquele em que a transmissão ocorreu”.
Trata-se, como se afirma no mesmo acórdão do STA de 3 de Dezembro de 2014 (processo n.º 0881/12), de “um preceito [o do n.º 1 e 2 do artigo 58.º-A do CIRC (na redacção em vigor em 2007)] com a natureza de norma especial anti-abuso, que visa corrigir, para efeitos de determinação do lucro tributável, os valores de venda/aquisição dos imóveis”. Por essa razão, diz-se também no aludido aresto, que aquele instrumento “só pode operar na sequência de um procedimento legal tributário que possibilite a demonstração, perante a administração tributária, que os valores das transacções praticados foram efectivamente inferiores aos valores patrimoniais tributários respectivos”, ou seja, consagra-se um expediente procedimental que assegura a possibilidade de elisão da presunção; e, para assegurar essa garantia dos contribuintes, “foi instituída a possibilidade de os sujeitos passivos exibirem elementos de prova que comprovem que o valor declarado e registado na contabilidade é o verdadeiro preço de compra (no caso do comprador) e o verdadeiro preço de venda (no caso do alienante), em conformidade com o disposto no artigo 129.º do CIRC”.
Esta qualificação daquela disposição legal como norma especial anti-abuso que institui uma presunção ilidível é, de resto, reconhecida pelo legislador no preâmbulo do Código do Imposto Municipal sobre as Transmissões Onerosas de Imóveis, aprovado pelo referido Decreto-Lei n.º 287/2003, quando aí se afirma que “alteram-se alguns preceitos dos Códigos do IRS e do IRC, de modo que o valor tributável para efeitos da tributação das transmissões de imóveis seja, em regra, igualmente relevante para efeitos da determinação do lucro tributável das empresas, individuais ou colectivas, cuja actividade seja a alienação de bens imóveis, quer por si construídos, quer no âmbito da actividade de compra para revenda. Não obstante, não se trata de uma regra absoluta, já que se confere ao alienante o direito de requerer segunda avaliação, em pé de igualdade com o adquirente, podendo ainda requerer a instauração de um procedimento próprio para demonstrar que o preço efectivamente praticado foi inferior ao valor patrimonial tributário que serviu de base à liquidação do IMT”.

3.3. Sobre o modus operandi e a natureza jurídica do procedimento consagrado no referido artigo 129.º do CIRC (redacção em vigor em 2007) para ilidir a presunção e fazer prova do preço efectivo da transmissão do bem imóvel, diz-nos ainda o acórdão do STA de 3 de Dezembro de 2014 (processo n.º 0881/12) que o mesmo “é instaurado mediante requerimento dirigido ao director de finanças competente e apresentado no mês de Janeiro do ano seguinte àquele em que ocorreu a transmissão (caso o valor patrimonial tributário já se encontre definitivamente fixado) ou nos 30 dias posteriores à data em que a avaliação se tornou definitiva (nos restantes casos) e que se rege «pelo disposto nos artigos 91.º e 92.º da Lei Geral Tributária, com as necessárias adaptações, sendo igualmente aplicável o disposto no n.º 4 do artigo 86.º da mesma lei» (n.º 5 do artigo 129.º).
Equiparou-se, assim, este procedimento àquele outro previsto nos artigos 91.º e 92.º da LGT (pedido de revisão da matéria colectável fixada por métodos indirectos), constituindo tal procedimento uma condição necessária à abertura da via contenciosa (n.º 7 do artigo 129.º). Ou seja, o procedimento que visa a demonstração, pelo sujeito passivo, de que o preço efectivamente praticado foi inferior ao VPT definitivamente fixado, constitui uma condição de procedibilidade da impugnação judicial quando nesta se pretenda discutir o preço efectivamente praticado nas transmissões de direitos reais sobre bens imóveis”.

3.3. De resto, os dois acórdãos do STA a que fizemos alusão anteriormente [(acórdãos de 6 de Fevereiro de 2013 (processo n.º 0989/12) e de 3 de Dezembro de 2014 (processo n.º 0881/12)] cuidaram também, de forma pormenorizada, da relação que se há-de estabelecer entre este procedimento do artigo 129.º do CIRC (hoje artigo 139.º) e o princípio da impugnação unitária, previstos no artigo 54.º do CPPT, tendo firmado sobre esta matéria os seguintes postulados: i) que a apresentação atempada do pedido para demonstração do preço efectivo (instauração do procedimento), previsto no n.º 3 artigo 129.º do CIRC, é condição de procedibilidade da impugnação judicial quando nesta se pretenda discutir o preço efectivamente praticado nas transmissões de direitos reais sobre bens imóveis; ii) que é no âmbito da impugnação judicial da liquidação que devem ser invocados, não só qualquer ilegalidade ou erro praticado na liquidação, como também no procedimento destinado à prova do preço efectivo; iii) que no âmbito da impugnação judicial é possível lançar mão de qualquer meio de prova admitido e que se revele adequado para a demonstração do preço efectivo; iv) que o acto de determinação do VPT definitivo do imóvel quando afecte, de forma actual e imediata, os direitos e interesses legalmente protegidos do sujeito passivo de imposto sobre o rendimento pode ser objecto de impugnação autónoma e imediata, subtraída ao regime regra da impugnação unitária; v) que o contribuinte pode propor acção administrativa especial para sindicar a legalidade do acto final do procedimento que instaurou com vista à prova do preço efectivo da transmissão.
Em suma, a jurisprudência deste Tribunal assegurou já, por via da interpretação normativa dos preceitos legais aplicáveis a este tipo de casos e no âmbito da concreta resolução dos litígios que lhe foram colocados, uma tutela jurisdicional ampla e efectiva da posição jurídica do sujeito passivo do IRC.

3.4. No litígio que agora, em concreto, nos cumpre analisar e decidir verifica-se, da factualidade dada como provada na sentença do Tribunal Administrativo e Fiscal de Leiria, que a recorrente impugnou judicialmente a liquidação adicional do imposto resultante das correcções efectuadas no seguimento do procedimento de inspecção tributária, liquidação que decorre da aplicação do disposto no n.º 2 do artigo 58.º-A do CIRC (na redacção em vigor em 2007), sem ter previamente instaurado o procedimento previsto no artigo 129.º do CIRC (na redacção em vigor em 2007) para prova do preço efectivamente praticado nas transmissões, mediante requerimento dirigido ao director de finanças competente. Um procedimento que – como dissemos antes – é condição de procedibilidade da impugnação judicial.
Por isso, não merece censura a sentença do Tribunal Administrativo e Fiscal de Leiria quando afirma que “(…) não tendo a impugnante apresentado o procedimento contemplado no artigo 129.º do CIRC, está-lhe vedada na presente impugnação judicial, discutir que o preço constante nas escrituras corresponde ao real, por falta dessa condição de procedibilidade” e conclui que “procede a excepção invocada pela Fazenda Pública e pelo Digno Magistrado do Ministério Público da inimpugnabilidade da liquidação em causa, o que implica que a presente impugnação judicial careça de objecto e acarreta, por consequência, a extinção da instância, nos termos previstos nos artigos 278.º, al. e) do Código de Processo Civil (CPC) aplicável por remissão do art.º 2.º, al. e) do CPPT”.

3.5. Conclusões
Assim, podemos concluir, relativamente à questão em apreço, que:
A apresentação atempada do pedido para demonstração do preço efectivo (instauração do procedimento), previsto no n.º 3 artigo 129.º do CIRC (actualmente, artigo 139.º do CIRC), é condição de procedibilidade da impugnação judicial quando nesta se pretenda discutir o preço efectivamente praticado nas transmissões de direitos reais sobre bens imóveis.

Pelo exposto, acordam os juízes que compõem esta Secção do Contencioso Tributário do Supremo Tribunal Administrativo em negar provimento ao recurso e manter a sentença recorrida.

Custas pelo recorrente [nos termos dos n.ºs 1 e 2 do artigo 527.º do Código de Processo Civil, aplicável ex vi a alínea e, do artigo 2.º do Código de Procedimento e de Processo Tributário].
Lisboa, 6 de Novembro de 2019. - Suzana Tavares da Silva (relatora) – Paulo Antunes – Francisco Rothes.