Concluindo-se no sentido da verificação daqueles requisitos, haverá então que conhecer do seu mérito, sendo a questão que constitui o objecto do presente recurso a de saber se a falta de nomeação de perito independente requerida pelo contribuinte no procedimento de revisão, em momento anterior à publicação das listas de peritos a que se refere o artigo 93.º da Lei Geral Tributária, consubstancia preterição de formalidade legal invalidante da decisão da comissão de revisão e de todo o procedimento posterior, incluindo a liquidação de imposto, como concluiu o acórdão recorrido, ou se, ao invés, a reunião de peritos não sofre de vício de forma por preterição de formalidades legais, como decidido no acórdão fundamento, dada a impossibilidade legal de nomeação de perito independente.

5 – Matéria de facto
No acórdão recorrido encontram-se fixados os seguintes factos:
a) A impugnante foi notificada, em 21.12.2007, da decisão proferida no recurso hierárquico;
b) Em 25.03.2008, sob registo postal, foi remetida para o serviço de finanças de Gouveia a petição inicial da impugnação constante de fls. 4 a 16.
c) A petição referida em b) deu entrada nos serviços de finanças de Gouveia em 26/03/2008, conforme carimbo aposto a fls. 4.
d) A impugnante foi objecto de inspecção conforme cópia de relatório elaborado em 23.2.1999 e constante de fls. 18 a 31 do PA apenso cujo conteúdo se dá por reproduzido.
e) Nesse relatório a fls. 28 sob o n.º 5.3 consta o seguinte:
Liquidação oficiosa de IVA por métodos indiciários
Na sequência das correcções efectuadas às prestações de serviços através dos métodos indiciários, previstos no art. 51 do CIRC e nos termos dos artigos 1.º n.º 1 al. b), art. 3 nº 1 al. b) e art. 7º nº 1 al. b) do CIVA, está em falta o IVA, indicado no quadro seguinte, para o qual se procederá à liquidação oficiosa nos termos do art. 84 nº 1 do CIVA.
f) Nesse quadro e referente ao exercício de 1997 consta correcção aos serviços prestados efectuada por métodos indiciários no montante de 2.500.000$00 e IVA em falta à taxa de 17% no montante de 425.000$00, tendo o IVA em falta sido repartido por todo o ano conforme consta a fls. 29 do relatório.
g) Com data de 23.2.99 foi elaborada a Nota de Apuramento Mod. 382 referente ao ano de 1997 conforme cópia de fls. 32 e 32v onde consta o apuramento do montante da liquidação adicional – nº 1 do art. 84 (recurso a presunções ou estimativas) no montante de 425.000$00.
h) A impugnante apresentou pedido de revisão nos termos do nº 1 do art. 91º da LGT e aí requereu a nomeação de um perito independente (cfr. fls. 44 a 47 do PA apenso).
i) Na sequência do pedido de revisão, por despacho de 8.11.99 foi marcada, para 30.11.99, reunião entre o perito designado pelo órgão da AT e o perito indicado pela impugnante (cfr. fls. 44 e 45).
j) Os peritos referidos em i) reuniram em 30.11.99 e não tendo estabelecido acordo elaboraram os pareceres cujas cópias constam de fls. 50 a 53 (cfr. fls. 48 a 53 do PA apenso).
k) Por despacho de 7.12.99 foi mantido o IVA fixado (cfr. fls. 54 e 54v do PA apenso).
l) Em 21.6.2000, sob registo postal, foi remetida para o serviço de finanças pela A……… reclamação graciosa contra as liquidações de IVA e juros compensatórios referentes ao ano de 1997 nos montantes de 425.000$00 e 79.028$00, respectivamente, cujos prazos de cobrança voluntária terminaram em 31.3.2000 (cfr. fls. 37 dos autos, fls. 2 do proc. de reclamação apenso e fls. 2 e 8 a 11 do PA apenso).
m) A reclamação graciosa esteve parada entre 1.3.2001 e 21.7.2003 (cfr. fls. 43 e 43v do PA apenso).
n) A A……….. foi notificada em 1.9.2003 do indeferimento da reclamação graciosa 8cfr. fls. 63 a 65 do PA apenso), tendo o seu mandatário sido notificado desse indeferimento em 26.12.2003 (cfr. fls. 78 e 79 do PA apenso).
o) Em 15.1.2004 apresentou a A………. recurso hierárquico que esteve parado entre 4.2.2004 e 27.11.2007, tendo o mesmo sido indeferido por despacho de 10.12.2007 notificado em 21.12.07 por carta registada com AR (cfr. fls. 2 a 25 do PA apenso).
p) Para cobrança coerciva da dívida em causa de IVA e juros compensatórios do ano de 1997 foi instaurada contra A………. execução fiscal autuada em 29.8.2000, tendo a executada sido citada por aviso postal em 1.9.2000 e a execução sido suspensa por despacho de 4.11.2003 face à penhora garante da dívida (cfr. fls. 1 a 25 do PA apenso).

6 – Apreciando.
6.1 Dos requisitos de admissibilidade do recurso por oposição de acórdãos
O presente recurso por oposição de acórdãos vem limitado à parte em que o acórdão recorrido julgou que a falta de nomeação de perito independente requerida para intervir na comissão de revisão constitui preterição de formalidade legal que torna ilegal a fixação da matéria tributável em causa e gera a anulação da liquidação de IVA e respectivos juros compensatórios de 1997, fundamento este determinante para a procedência da impugnação deduzida e consequente anulação da liquidação sindicada. (acórdão recorrido, a fls. 116 a 118 dos autos)
Não obstante o Relator do acórdão recorrido ter proferido despacho em que reconhece a alegada oposição de acórdãos, importa reapreciar se a mesma se verifica, já que tal decisão, como vem sendo jurisprudência pacífica e reiterada deste Supremo Tribunal (vide, entre outros, o Acórdão de 7 de Maio de 2003, rec. n.º 1149/02), não só não faz caso julgado, como não impede ou desobriga o Tribunal de recurso de a apreciar (cfr. art. 685.º-C, n.º 5 do Código de Processo Civil - CPC) – cfr. também neste sentido JORGE LOPES DE SOUSA, Código de Procedimento e de Processo Tributário: Anotado e Comentado, volume II, 5.ª ed., Lisboa, Áreas Editora, 2007, p. 814 (nota 15 ao art. 284.º do CPPT).

O presente processo iniciou-se no ano de 2008, pelo que lhe é aplicável o regime legal resultante do ETAF de 2002, nos termos dos artigos 2.º, n.º 1, e 4.º, n.º 2, da Lei n.º 13/2002 de 19 de Fevereiro, na redacção que lhe foi conferida pela Lei n.º 107-D/2003 de 31 de Dezembro.

Assim, a admissibilidade dos recursos por oposição de acórdãos, tendo em conta o regime previsto nos artigos 27.º, alínea b) do ETAF, 284.º do CPPT e 152.º do Código de Processo nos Tribunais Administrativos (CPTA), depende de existir contradição entre o acórdão recorrido e o acórdão invocado como fundamento sobre a mesma questão fundamental de direito e que não ocorra a situação de a decisão impugnada estar em sintonia com a jurisprudência mais recentemente consolidada do Supremo Tribunal Administrativo.

No que ao primeiro requisito respeita, como tem sido inúmeras vezes explicitado pelo Pleno desta Secção relativamente à caracterização da questão fundamental sobre a qual deve existir contradição de julgados, devem adoptar-se os critérios já firmados no domínio do ETAF de 1984 e da LPTA, para detectar a existência de uma contradição, quais sejam:

- identidade da questão de direito sobre que recaíram os acórdãos em confronto, que supõe estar-se perante uma situação de facto substancialmente idêntica;

- que não tenha havido alteração substancial na regulamentação jurídica;

- que se tenha perfilhado, nos dois arestos, solução oposta;

- a oposição deverá decorrer de decisões expressas, não bastando a pronúncia implícita ou a mera consideração colateral, tecida no âmbito da apreciação de questão distinta (Acórdãos do Pleno desta Secção do STA de 26 de Setembro de 2007, 14 de Julho de 2008 e de 6 de Maio de 2009, recursos números 452/07, 616/07 e 617/08, respectivamente).

A alteração substancial da regulamentação jurídica relevante para afastar a existência de oposição de julgados verifica-se «sempre que as eventuais modificações legislativas possam servir de base a diferentes argumentos que possam ser valorados para determinação da solução jurídica» (v. Acórdãos do Pleno da Secção de Contencioso Tributário do STA de 19 de Junho de 1996 e de 18 de Maio de 2005, proferidos nos recursos números 19532 e 276/05, respectivamente).

Por outro lado, a oposição de soluções jurídicas pressupõe identidade substancial das situações fácticas, entendida esta não como uma total identidade dos factos mas apenas como a sua subsunção às mesmas normas legais (cfr. JORGE LOPES DE SOUSA, op. cit., p. 809 e o acórdão do Supremo Tribunal de Justiça de 26 de Abril de 1995, proferido no recurso n.º 87156).

Vejamos, então, se tais pressupostos se verificam.

A questão que constitui o objecto do presente recurso é a de saber se a falta de nomeação de perito independente requerida pelo contribuinte no procedimento de revisão, em momento anterior à publicação das listas de peritos a que se refere o artigo 93.º da Lei Geral Tributária, consubstancia ou preterição de formalidade legal invalidante da decisão da comissão de revisão e dos actos consequentes deste, incluindo a liquidação de imposto sindicada.

A esta questão, respondeu o Acórdão recorrido em sentido afirmativo, fundamentando o decidido no entendimento firmado pelo Acórdão do Pleno da Secção de Contencioso Tributário deste Supremo Tribunal de 13 de Fevereiro de 2008, rec. n.º 686/07, que confirmou o Acórdão do TCAN proferido no rec. 61/01, e onde, em síntese, se afirmou que o regime de intervenção de perito independente, a requerimento do contribuinte, previsto nos arts 91.º e 92.º da LGT, é aplicável a todos os pedidos de revisão apresentados após a entrada em vigor da LGT, em 1-1-1999, desde que o contribuinte o requeira, nos termos do n.º 4 do referido artigo 91.º, sendo que o facto de, no momento da entrada em vigor da LGT, não estar ainda constituída a Comissão Nacional prevista nos seus arts. 93.º e 94.º e elaborada lista de peritos independentes, não obsta ao exercício desse direito pelo contribuinte a partir da entrada em vigor da LGT, como evidencia o art. 3.º do DL n.º 398/98, de 17 de Dezembro. Daí, conclui, o Acórdão recorrido, que tendo sido requerida a intervenção de perito independente e não tendo este tido intervenção na comissão, houve preterição de formalidade legal invalidante da decisão aí tomada e dos actos subsequentes desta, incluindo a liquidação de IVA sindicada, razão pela qual julgou procedente a impugnação, anulando a liquidação de imposto.

Já o acórdão fundamento considerou, ao invés e em síntese, que se à data em que o contribuinte requereu essa nomeação ainda não estavam organizadas e publicadas as listas, a Administração Tributária não podia nomear perito independente por impossibilidade legal, por tal nomeação só poderia ocorrer entre peritos constantes daquelas listas. 3 – E, assim sendo, não sofre de vício de forma por preterição de formalidades legais a reunião de peritos que teve lugar no processo de revisão sem a participação do perito independente.

Estamos, pois, perante respostas divergentes à mesma questão fundamental de direito, no quadro de uma situação de, não sendo idêntica, é similar no que respeita sua subsunção às mesmas normas legais, como se conclui do confronto entre as alíneas h) e i) do Acórdão recorrido com as alíneas b), c) e e) do Acórdão fundamento, e perante um quadro normativo que se mantém inalterado.

No que respeita ao segundo requisito de que depende a admissibilidade do recurso por oposição de julgados – o de que não ocorra a situação de a decisão impugnada estar em sintonia com a jurisprudência mais recentemente consolidada do Supremo Tribunal Administrativo – é de entender que embora o Acórdão recorrido tenha adoptado relativamente à questão decidenda o entendimento assumido, por maioria, no Acórdão do Pleno da Secção de Contencioso Tributário deste Supremo Tribunal de 13 de Fevereiro de 2008, proferido no recurso n.º 686/07 e não havendo outro Acórdão do Pleno mais recente sobre a questão, mesmo assim é de aceitar o recurso, pois que o referido acórdão do Pleno não foi subscrito por nenhum dos juízes Conselheiros actualmente em exercício na Secção e, como se consignou no recente Acórdão do Pleno da Secção de Contencioso Tributário de 19 de Setembro de 2012, proferido no recurso n.º 1075/11, a existência de uma jurisprudência consolidada deve transparecer ou do facto de a pronúncia respectiva constar de acórdão do Pleno assumido pela generalidade dos Conselheiros em exercício na Secção (consoante prevê o art. 17º, nº 2, do actual ETAF) ou do facto de existir uma sequência ininterrupta de várias decisões no mesmo sentido, obtidas por unanimidade em todas as formações da Secção, o que não se verifica no presente caso, pelo que haverá que conhecer do mérito do recurso.

6.2 Do mérito do recurso
O acórdão recorrido, no segmento impugnado, adoptou, como se disse já, a interpretação que fora acolhida no Acórdão do Pleno da Secção de Contencioso Tributário deste Supremo Tribunal de 13 de Fevereiro de 2008, rec. n.º 686/07, que confirmou o Acórdão do TCAN proferido no rec. 61/01, e onde, em síntese, se afirmou que o regime de intervenção de perito independente, a requerimento do contribuinte, previsto nos arts 91.º e 92.º da LGT, é aplicável a todos os pedidos de revisão apresentados após a entrada em vigor da LGT, em 1-1-1999, desde que o contribuinte o requeira, nos termos do n.º 4 do referido artigo 91.º, sendo que o facto de, no momento da entrada em vigor da LGT, não estar ainda constituída a Comissão Nacional prevista nos seus arts. 93.º e 94.º e elaborada lista de peritos independentes, não obsta ao exercício desse direito pelo contribuinte a partir da entrada em vigor da LGT, como evidencia o art. 3.º do DL n.º 398/98, de 17 de Dezembro. No referido Acórdão do TCAN que o citado Acórdão do Pleno da Secção de Contencioso Tributário confirmou, foi ainda decidido que a não intervenção, devidamente requerida pelo contribuinte, de perito independente em procedimento de revisão, constitui preterição de formalidade legal essencial, susceptível de influenciar e determinar negativamente, no sentido de que o resultado final não será o mais rigoroso e tecnicamente fiável, a fixação da matéria tributável relevante, o que tem implicações necessárias no sequente apuramento dos tributos, sendo certo que o acto de liquidação, nestas situações, se reconduz à mera aplicação das competentes taxas.

Embora não tenha sido subscrito pelos juízes conselheiros actualmente em exercício na secção - pois que todos eles iniciaram funções em data posterior – entendemos que a interpretação nele adoptada é inteiramente de sufragar, pois que se revela a mais consentânea com a intenção do legislador de conferir maior tutela ao contribuinte no (então novo) procedimento de revisão da matéria tributável fixada por recurso a métodos indirectos.
Assim, como se disse naquele Acórdão:
«5 – A Lei n.º 41/98, de 4 de Agosto, concedeu ao Governo autorização legislativa para aprovar uma lei geral tributária, fixando, como sentido geral da autorização, além do mais, que «a lei geral tributária visará aprofundar as normas constitucionais tributárias e com relevância em direito tributário, nomeadamente no que se refere à relação tributária, ao procedimento e ao processo, com reforço das garantias dos contribuintes, da participação destes no procedimento, da igualdade das partes no processo».
Para a prossecução dos fins indicados, autorizou-se o Governo a, além do mais, «introduzir no procedimento da determinação indirecta da matéria colectável a figura do perito independente».
O regime da intervenção do perito independente no procedimento de determinação indirecta da matéria colectável foi concretizado nos arts. 91.º e 92.º da LGT, reconhecendo-se ao sujeito passivo o direito de requerer a nomeação de perito independente (art. 91.º, n.º 4).
O DL n.º 398/98, de 17 de Dezembro através do qual foi aprovada a LGT fixou o regime da sua aplicação no tempo, estabelecendo, como data da entrada em vigor geral, o dia 1-1-1999 (art. 6.º deste Decreto-Lei). Especificamente no que concerne à aplicação do novo regime de revisão da matéria tributável, incluíram-se neste Decreto-Lei as regras de que ele só se aplica à reclamações apresentadas após a sua entrada em vigor (art. 3.º, n.º1), de que até à entrada em vigor do novo CPT (que veio a ser o CPPT) o contribuinte podia optar pelo regime de reclamação previsto nos arts 84.º e seguintes do CPT então vigente (n.º 2 do mesmo artigo) e de que, até à reorganização da Direcção-Geral de Impostos, eram considerados órgãos da administração tributária do domicílio ou sede dos sujeitos passivos os directores distritais de finanças e os directores de finanças das Regiões Autónomas da Madeira e dos Açores (art. 4.º do mesmo Decreto-Lei).
Há, assim, uma manifestação legislativa clara no sentido de aplicar o novo regime de revisão da matéria tributável imediatamente a todas as reclamações apresentadas após 1-1-1999, a não ser que o contribuinte optasse pelo regime do CPT, até à entrada em vigor do CPPT que veio a ocorrer em 1-1-2000 (art. 4.º do DL n.º 433/99, de 26 de Outubro).
Não há qualquer suporte normativo para afirmar que o n.º 4 do art. 91.º da LGT não entrou em vigor em 1-1-1999, como expressamente se refere no art. 6.º relativamente à globalidade da LGT, pois até há uma referência expressa no art. 3.º, n.º 1, do DL n.º 398/98, à imediata aplicação do novo regime de revisão da matéria tributável a todas as reclamações apresentadas após a sua entrada em vigor, desde que o contribuinte não optasse pelo regime anterior.
Por outro lado, a diferença essencial entre o novo regime de revisão da matéria tributável e o anterior é precisamente a generalização da possibilidade de o contribuinte requerer a intervenção do perito independente, que até então, só podia ter lugar em casos de «especial complexidade», se a matéria tributável reclamada fosse superior ao produto do salário mínimo nacional mais elevado por 250 (art. 85.º-A do CPT, aditado pelo DL n.º 24/98, de 9 de Fevereiro).
O velho regime de revisão, esse, a partir da entrada em vigor da LGT, apenas poderia ser aplicado nos casos em que o contribuinte por ele optasse.
(…)
Na verdade, há uma intenção legislativa clara e reiterada no sentido de reconhecer ao contribuinte a possibilidade de fazer intervir um perito independente no procedimento de revisão da matéria tributável, que se manifestou, primeiramente, no art. 52.º, n.º 2, da Lei n.º 52-C/96, de 27 de Dezembro, depois no DL n.º 24/98, de 9 de Fevereiro, a seguir na Lei n.º 41/98, de 4 de Agosto, e, finalmente, na LGT.
Por outro lado, o legislador da LGT não teria razão para crer que fosse especialmente moroso para o Ministério das Finanças (O Ministro das Finanças é a entidade encarregada de regulamentar o funcionamento da Comissão Nacional de Revisão, nos termos do n.º 5 do art. 94.º da LGT.) pôr em funcionamento a Comissão Nacional de Revisão que devia elaborar as listas de peritos, pois quando foi aprovada a LGT, em Conselho de Ministros de 28-10-1998, já há vários meses, desde Fevereiro desse ano, que estava em vigor o DL n.º 24/98, que previa também a criação de uma comissão para elaboração de uma lista daquele tipo.
(…)
Esta conclusão é particularmente evidente no caso da LGT, pois, por um lado, à face do seu art. 11.º, que fixa os critérios de interpretação da lei fiscal, não há qualquer suporte para adoptar um critério interpretativo que se reconduza a, na dúvida sobre a interpretação da lei, preferir a interpretação que melhor assegura a cobrança de impostos em vez daquela que melhor assegura os direitos do contribuinte, e, por outro lado, a preocupação legislativa que esteve subjacente à LGT, que é de primacial importância para determinação do pensamento legislativo, foi manifestamente a de assegurar e reforçar os direitos procedimentais e processuais dos contribuintes e não a de assegurar a eficácia da cobrança de impostos à custa dos direitos procedimentais que ela lhes reconhece.
Assim, é de concluir que a solução correcta da questão que é objecto do presente recurso jurisdicional é a que foi adoptada no acórdão recorrido. »
(fim de citação).

O acórdão recorrido, assente neste entendimento, concluiu, em sintonia, que a falta de nomeação de perito independente requerida pelo contribuinte no procedimento de revisão, em momento anterior à publicação das listas de peritos a que se refere o artigo 93.º da Lei Geral Tributária, consubstancia preterição de formalidade legal invalidante da decisão da comissão de revisão, e consequentemente de todo o procedimento posterior, incluindo o acto de liquidação (adicional) de imposto, no que não merece qualquer censura.
É que, como bem se consignou no voto de vencido da Senhora (então) Desembargadora Dulce Neto aposto no Acórdão fundamento, constituindo fundamento de impugnação qualquer ilegalidade, designadamente a preterição de formalidades legais (artigo 99.° alínea d) do CPPT), preterição que pode consubstanciar-se na omissão de qualquer acto previsto legalmente para o procedimento tributário e estando prevista a intervenção de perito independente nos procedimentos de revisão da matéria colectável desde a data da entrada em vigor da Lei Geral Tributária, a Administração estava adstrita ao dever de nomear e convocar esse perito para o debate contraditório do procedimento de revisão, atento as garantias adicionais dos contribuintes que decorrem dessa intervenção, previstas no art. 92º nº 7 e 8 da LGT, não sendo o facto de à data em que se realizou a reunião da comissão de revisão ainda não se encontrarem publicadas as listas distritais de peritos, (…) pretexto para desrespeitar a lei, a qual, insiste-se, se encontrava já em vigor relativamente a todo este novo regime de revisão da matéria tributável, tanto mais que essa falta não pode ser imputada ao contribuinte.
Ora, a preterição dessa formalidade tem relevância invalidante, pois que é susceptível de causar uma lesão efectiva e real dos interesses ou valores protegidos pelo preceito violado, daí que plenamente se justifique o julgado de que ocorre preterição de formalidade legal determinante da invalidade do acto e dos que dele dependam, incluindo o de liquidação.

Pelo exposto, necessário é concluir que o recurso não merece provimento.