Acórdãos STA

Acórdão do Supremo Tribunal Administrativo
Processo:02265/11.3BELSB 0187/17
Data do Acordão:05/16/2019
Tribunal:1 SECÇÃO
Relator:FONSECA DA PAZ
Descritores:PROGRAMA OPERACIONAL AGRO
AUDITORIA EXTERNA
INSTRUÇÃO
DESPESAS
Sumário:I - O controlo do primeiro nível de execução do “Programa AGRO” cabia ao IFAP, através do respectivo Gestor, o qual podia recorrer, nos termos do art.º 42.º, n.º 8, do DL n.º 54-A/2000, de 7/4, à aquisição de serviços de auditoria externa.
II - O recurso a uma empresa privada para a realização de uma determinada diligência, como a auditoria, não significa que o órgão instrutor tenha encarregue essa empresa da direcção da instrução do procedimento ou que tenha perdido os poderes inerentes a essa direcção na sua globalidade.
III - Os Estados-Membros, como primeiros responsáveis pelo controlo financeiro das intervenções e pela investigação das irregularidades verificadas, não estão limitados à análise das facturas apresentadas pelos beneficiários e respectivos recibos de quitação, podendo efectuar quaisquer outras diligências tendentes ao controlo da veracidade das despesas apresentadas.
Nº Convencional:JSTA000P24554
Nº do Documento:SA12019051602265/11
Data de Entrada:04/05/2017
Recorrente:A....., S.A.
Recorrido 1:IFAP-INST DE FINANCIAMENTO DE AGRICULTURA E PESCAS, I.P.
Votação:UNANIMIDADE
Aditamento:
Texto Integral: ACORDAM NA SECÇÃO DE CONTENCIOSO ADMINISTRATIVO DO SUPREMO TRIBUNAL ADMINISTRATIVO:

RELATÓRIO

“A………., S.A.”, com sede em ………….., ……….., intentou, no Tribunal Administrativo de Círculo (TAC) de Lisboa, acção administrativa especial de pretensão conexa com actos administrativos, contra o “IFAP – Instituto de Financiamento de Agricultura e Pescas, IP”, pedindo a “revogação de decisão pela qual este último decidiu a modificação unilateral do contrato de atribuição de ajuda ao abrigo do programa AGRO – Medida 1, celebrado entre ambas as partes, em 2001”.

Por sentença datada de 22 de Janeiro de 2016, foi essa acção julgada totalmente improcedente, absolvendo-se o R. do pedido.

Tendo a A. interposto recurso para o TCA Sul, este tribunal, por acórdão de 20 de Outubro de 2016, negou-lhe provimento.

Deste acórdão, a A. interpôs recurso de revista para este STA, tendo, na respectiva alegação, formulado as seguintes conclusões:

“a) Confundem-se, no douto Acórdão, dois conceitos: a auditoria externa e a instrução do processo;
b) A auditoria externa consiste num exame sistemático e objectivo, utilizando técnicas específicas comummente aceites, designadamente, a amostragem, com vista à emissão de um parecer devidamente sustentado, que pode conter uma apreciação de natureza qualitativa, conceito este que poderá ser mais abrangente e verificar o grau de conformidade dos procedimentos com os normativos aplicáveis, assentando numa análise completa e extensiva dos registos e documentos de suporte à actividade da entidade auditada, relativos ao período em questão
c) É, pois, inverosímil, que por via, da aplicação do art.º 10.º do DL. 163-A/2000, de 27/07, e dos citados artigos do DL nº 54-A/2000 se pretenda retirar do conceito de auditoria externa, aplicada apenas para um controlo de 1º nível, actividade para a qual a “B………….., Lda.” estava contratada, e em tese, a possibilidade de actos de auditoria, serem qualificados como actos instrutórios, que conduzam a uma decisão do IFAP, tomada nos termos do art.º 86.º, nº 1, do CPA, estarão, por certo a questionar a relevância jurídica da citada norma.
d) Prevê o nº 1 do art.º 150.º do CPTA um recurso de revista para o STA das decisões proferidas em segunda instância pelos TCA’s quando esteja em causa a apreciação de uma questão que, pela sua relevância jurídica ou social, se assuma como de importância fundamental ou quando a admissão do recurso seja claramente necessária para uma melhor aplicação do direito.
e) A decisão do IFAP assenta o seu fundamento da violação da regra nº 1 da Elegibilidade do referido Regulamento CE, no facto dos cheques terem sido debitados em data(s) posterior(es) à da do pedido de reembolso, facto esse - conhecimento da data em que os cheques foram debitados - a que a acção de controlo teve acesso através de reconciliação bancária.
f) Para o efeito de pedido de pagamentos intermédios, o comprovativo das despesas a serem reembolsadas, era sustentado mediante a apresentação das respectivas facturas e recibos, documentos de despesa que, cabal e legalmente, comprovam a sua quitação, e que a Recorrente sempre cumpriu, como integral, escrupulosamente e em tempo cumpriu o seu projecto aprovado pelo IFAP.
g) Da admissão e deferimento do presente recurso, resultará, necessariamente, uma melhor e mais equitativa aplicação de direito numa decisão sobre factos ocorridos há mais de 15 anos, e cujo impacto financeiro recairá sobre uma empresa que, desde sempre, cumpriu com os projectos celebrados com o IFAP, sem dívidas ao Estado ou a particulares, empregando 70 trabalhadores, 60 dos quais efectivos”.

O recorrido, IFAP, contra-alegou, tendo enunciado as conclusões seguintes:
“A. Vem o presente recurso interposto de acórdão de 20 de outubro de 2016, no entendimento que o Tribunal a quo confundiu os conceitos de auditoria externa e instrução e que a recorrente cumpriu o projeto, não obstante, os cheques terem sido descontados em datas posteriores à data do pedido de reembolso.
B. Face aos fundamentos apresentados pela recorrente, salvo melhor entendimento, nos termos do nº 1 do Artº 150º do CPTA não parece existir uma situação excecional relativamente às questões suscitadas pela recorrente, razão pela qual não deve o presente recurso ser admitido.
C. Em todo o caso, ainda que assim não se entenda, o que só por mero dever de patrocínio se admite, sempre se dirá que, salvo melhor opinião, o acórdão recorrido não merece qualquer censura.
D. Nos termos do nº 6 do Artº 42º do Decreto-Lei nº 54-A/2000, “o controlo de primeiro nível é assegurado pelos órgãos de gestão das intervenções operacionais e, quando necessário, por outros organismos a designar por despacho dos membros do Governo responsáveis pelas intervenções operacionais em causa, consagrando o princípio de segregação de funções”, sendo que, nos termos do Anexo a que se refere o número 3.º da Portaria n.º 684/2001, de 5 de Julho, compete ao Gestor do Programa AGRO assegurar o controlo de 1º nível.
E. Salienta-se que, dispõe o nº 8 do Artº 42º do Decreto-Lei nº 54-A/2000, que, “no âmbito do controlo das acções financiadas pelos fundos comunitários, poderá ainda recorrer-se à aquisição de serviços de auditoria externa”.
F. Na situação em apreço nos autos, o Gestor do Programa AGRO recorreu aos serviços da sociedade B…………, Lda, para realizar a ação de controlo de 1º nível à execução do projeto nº 2000530019397.
G. Ou seja, como conclui o Tribunal a quo, o Órgão de Gestão do Programa Operacional Agricultura e Desenvolvimento Rural encarregou a B……….., Lda., para realizar diligências instrutórias específicas, nos termos conjugados dos n.ºs 6 e 8 do artigo 42.º do Decreto-Lei n.º 54-A/2000, e do n.º 3 do artigo 86.º do CPA, razão pela qual conclui inexiste qualquer vício procedimental, pelo facto de a instrução ter sido assegurada por uma empresa privada, prestadora de serviços de auditoria.
H. Verifica-se assim, que ao contrário do invocado pela recorrente, inexiste qualquer confusão por parte do Tribunal a quo, dos conceitos de auditoria externa e instrução do processo, não merecendo censura a decisão recorrida.
I. Salvo melhor entendimento, não assiste também razão à recorrente quando invoca que cumpriu o projeto, pois o cumprimento de um projeto apresentado no âmbito do Programa AGRO, exige entre outras formalidades, que esta, enquanto beneficiária só pudesse apresentar a pagamento despesas efetivamente realizadas.
J. Com efeito, a razão das ajudas pagas no âmbito do Programa Agro é reembolsar as despesas efetivamente realizadas e não financiar ab initioa execução de um projeto. (Neste sentido vide acórdão, proferido em 14/09/2012 pela 1ª secção do contencioso administrativo do Tribunal Central Administrativo Norte, no âmbito do proc. nº 00033/10.9BEMDL)
K. No entanto, em sede de controlo, como salienta o Tribunal a quo (pag. 18 do acórdão recorrido), à data da apresentação dos respetivos pedidos de pagamento, as despesas constantes nas faturas não se encontravam efetivamente pagas (cf. quadro infra):

Data de entrega
Pedido de pagamento
Factura
Data
Valor (com IVA)
Pagamentos
Data de cheque
Data de extracto bancário
05-03-2002
78
32
30-03-2001
04-02-2002
65.213,07
31.992,48
29.928,00
12.982,83
12.985,83
12.985,82
12.985,33
15.535,00
06-06-2002
16-07-2002
08-10-2002
13-01-2003
27-05-2003
12-09-2003
18-06-2002
01-08-2002
04-11-2002
31-01-2003
31-05-2003
23-09-2003
16-07-2002
005
07-07-2002
40.214,88
15.644,07
10.000,00
5.249,33
10-10-2002
03-04-2003
06-11-2003
04-11-2002
30-04-2003
13-11-2003
9.231,51
retoma

L. O não cumprimento da regra elegibilidade por parte da recorrente implica um incumprimento das regras contratuais estabelecidas entre recorrente e entidade recorrida.
M. As regras de elegibilidade da despesa, estipulam que esta apenas é elegível quando efetivamente foi paga em data anterior ao pedido de pagamento.
N. A despesa efetivamente paga corresponde a um efetivo e real pagamento por parte dos beneficiários, sendo verificado através da análise das datas dos documentos de despesa e dos modos de pagamento, datas essas que constam da documentação a apresentar.
O. Ora, a demonstração do efetivo pagamento antes de apresentar o respetivo pedido de pagamento da despesa é condição sine qua non para a elegibilidade das despesas. (a este respeito citam-se por todos acórdão proferidos Tribunal Central Administrativo Norte, em 14/09/2012 e 13/01/2011 no âmbito do proc.s nºs 00033/10.9BEMDL e 01450/06.4BEVIS)
P. Razão pela qual, o Tribunal a quo ao concluir que “...a atribuição de ajudas através dos fundos estruturais europeus, depende da existência de pagamentos executados pelos beneficiários finais desses auxílios, os quais devem corresponder a despesas efectivamente pagas, condição a que as despesas se encontrem adstritas, por forma serem elegíveis no âmbito das formas de intervenção visadas pelos Fundos Estruturais, o que manifestamente não ocorreu no caso concreto em que se provou que a recorrente procedeu ao pagamento das facturas em através de cheques emitidos em momento posterior não só à emissão dos respectivos recibos como à apresentação do pedido de reembolso junto do IFAP”, faz uma correta interpretação dos factos e aplicação do direito, não merecendo censura o acórdão recorrido.
Q. Nestes termos e nos demais de direito, deve ser negado provimento ao presente recurso e manter-se a Douta sentença, assim se fazendo a costumada JUSTIÇA!”.

Pela formação de apreciação preliminar a que alude o art.º 150.º, do CPTA, foi proferido acórdão a admitir a revista.

O Exmº. Magistrado do MP junto deste tribunal, notificado nos termos do art.º 146.º, do CPTA, não emitiu parecer.

Colhidos os vistos legais, foi o processo submetido à conferência para julgamento

FUNDAMENTAÇÃO

I. MATÉRIA DE FACTO

O acórdão recorrido considerou provados os seguintes factos:
“1. Em 26.09.2001, o IFADAP – Instituto de Financiamento e Apoio ao Desenvolvimento da Agricultura e Pescas celebrou um “Contrato de atribuição de ajuda ao abrigo do Programa AGRO – Medida 1: Modernização, reconversão e diversificação das explorações agrícolas (co-financiado pelo FEOGA – Orientação)” com a A……… - Viveiros Plantas, Lda. (“aí referido como “Beneficiário”), cujas Cláusulas Específicas determinam o seguinte:
Cláusula 1ª: O presente contrato respeita ao projecto apresentado pelo Beneficiário no âmbito da Medida 1 do Programa Agro, projecto que recebeu no IFADAP o n.º 2000.53.001939.7 e que aqui se dá por reproduzido.
Cláusula 2ª: As importâncias mencionadas no presente contrato são expressas na seguinte moda: PTE – Escudo Português.
Cláusula 3ª: Para execução do projecto o Beneficiário recorre, na parte excedente à ajuda, às seguintes fontes de financiamento: Capital próprio no montante de 47.496.005 (…).
Cláusula 4ª: Tendo em vista a execução do referido projecto são concedidas ao Beneficiário as seguintes ajudas: Incentivo financeiro ao investimento, sob a forma de subsídio não reembolsável, no montante de 28.709.368 (…).
Cláusula 5ª: As ajudas concedidas são ajustáveis em função do efectivo custo final do investimento elegível, por forma a manter-se a taxa de comparticipação global atribuída na decisão de aprovação.
Cláusula 6ª: As ajudas concedidas são pagas pelo IFADAP por crédito na conta de depósitos à ordem do Beneficiário (…).
Cláusula 7ª: O crédito das ajudas é realizado conforme os casos seguintes: O incentivo financeiro não reembolsável, de acordo com o seguinte plano previsional: 1ª parcela, 26-08-2001, valor de 16.709.368; 2ª parcela, 25-10-2001, valor de 8.000.000; 3ª parcela, 24-12-2001, valor de 4.000.000 (…).” (cf. fls. 97 e 98 do PA apenso).
2. Estipulam as Condições Gerais do contrato referido no ponto anterior que:
“(…) B. Pagamento das ajudas e documentos comprovativos
B.1. O pagamento do incentivo não reembolsável, segundo o correspondente plano previsional constante da cláusula 7ª, depende da apresentação e aceitação pelo IFADAP dos seguintes documentos comprovativos da aplicação dos fundos:
B.1.1. No caso da primeira ou de única parcela, dos documentos comprovativos referentes à aplicação de pelo menos 25% do investimento aprovado;
B.1.2. No caso da segunda parcela e seguintes, dos documentos comprovativos da aplicação da parcela imediatamente anterior;
B.1.3. No caso da última parcela, após apresentação dos documentos comprovativos da aplicação das parcelas anteriores e da parte restante do autofinanciamento (e crédito bancário caso exista).
B.2. O pagamento de incentivo não reembolsável rege-se, ainda, pelo seguinte:
B.2.1. Os documentos comprovativos necessários ao crédito de cada parcela devem ser apresentados até 20 dias úteis antes da data prevista para esse crédito;
B.2.2. Tratando-se de parcela única ou da última parcela todos os demais documentos comprovativos da aplicação da totalidade do valor do investimento aprovado devem ser apresentados até 60 dias após o crédito em conta daquelas parcelas;
B.2.3. A falta de cumprimento dos prazos anteriormente estabelecidos determina a modificação ou rescisão unilateral do contrato, salvo se o Beneficiário apresentar justificação do atraso e esta for considerada atendível; (…)
D. Informação e fiscalização
D.1. O IFADAP e as demais competentes entidades nacionais e comunitárias podem, a todo o tempo e pela forma que tiverem por conveniente, fiscalizar a execução do projecto, a efectiva aplicação das ajudas e manutenção pelo Beneficiário dos requisitos da sua concessão;
D.2. O Beneficiário fica obrigado a prestar de imediato todas as informações que forem julgadas necessárias ou oportunas, autorizando desde já o IFADAP a obter junto das instituições de crédito todas as informações que venha a pretender sobre a movimentação de empréstimos concedidos por aquelas instituições relativamente à execução do projecto, designadamente no que respeita ao pagamento de juros e amortização do capital. (…)” (cf. fls 95 e 96 do PA apenso).
3. Em 10.09.2001, o R. rececionou o formulário “Remessa de documentos comprovativos”, com 30 documentos anexos, pelo qual a A. declara a aplicação de PTE 42.535.392 no projeto de investimento aprovado (cf. fls. 160 a 195 do PA apenso).
4. Em 13.11.2001, é emitida pelo IFADAP a autorização de pagamento n.º 42957 referente à A………Viveiros Plantas Lda, no valor de PTE 15.498.360 (cf. fls. 226 do PA apenso).
5. Em 04.02.2002, é emitida pelo IFADAP a autorização de adiantamento n.º 44217, referente à A…….Viveiros Plantas Lda, no valor de EUR 45.942,32 (cf. fls. 228 do PA apenso).
6. Em 05.03.2002, o R. rececionou o formulário “Remessa de documentos comprovativos”, pelo qual a A. declara a aplicação de EUR 83.082,31 no projeto de investimento aprovado, anexando 3 documentos: fatura n.º 78, de 30.03.2001, no valor total de EUR 65.213,08, fatura n.º 32, de 04.02.2002, no valor total de EUR 31.993,23, e recibo n.º 28000032, de 04.02.2002, respeitante às faturas referidas, no valor total de EUR 97.206,31, todos emitidos pela A……… Estruturas Metálicas, Lda. (cf. fls. 202 a 208 do PA apenso).
7. Em 16.07.2002, o R. rececionou o formulário “Remessa de documentos comprovativos”, pelo qual a A. declara a aplicação de EUR 101.781,10 no projeto de investimento aprovado, anexando 8 documentos, de entre os quais importa destacar a fatura n.º 088, no valor total de EUR 40.214,12, e o recibo n.º 501, no valor total de EUR 40.214,12, ambos emitidos em 13.06.2002 pela C……….. (cf. fls. 209 a 220 do PA apenso).
8. Em 20.07.2002, a A. remeteu uma carta endereçada ao R., solicitando a devolução da fatura n.º 088 e recibo n.º 501 referidos no ponto anterior e a junção da fatura n.º 005, no valor total de EUR 40.214,91, e do recibo n.º 004, no mesmo montante, ambos emitidos em 07.07.2002, pela C………… (cf. fls. 221 a 223 do PA apenso).
9. Em 17.10.2002, é emitida pelo IFADAP a autorização de regularização de adiantamentos n.º 48138, referente à A…….. Viveiros Plantas Lda, no valor de EUR 45.942,32 (cf. fls. 229 do PA apenso)
10. Em 17.10.2002, é emitida pelo IFADAP a autorização de pagamento n.º 48137 referente à A…….. Viveiros Plantas Lda, no valor de EUR 15.909,97 (cf. fls. 230 do PA apenso).
11. Em 27.01.2003, é emitida pelo IFADAP a autorização de pagamento n.º 49346 referente à A……… Viveiros Plantas Lda, no valor de EUR 541,16 (cf. fls. 231 do PA apenso).
12. Em 19.03.2003, é emitido pelo IFADAP o ofício n.º 85.200/1413/2003, com vista a informar a A. de que “o montante total dos comprovativos de despesa que nos foram apresentados é inferior ao inicialmente aprovado e contratado. Nesta circunstância informamos que foi decidido alterar o valor do subsídio aprovado para o montante de 139.698,94€” (cf. fls. 248 do PA apenso).
13. Em 17.11.2004, é iniciada uma ação de controlo pela B………., Lda., sobre a A., incidente sobre o projeto n.º 2000530019397 (conforme decorre de fls. 282 do PA apenso).
14. Em 23.05.2005, é remetida pela B……….., Lda., à A. a comunicação com a referência 192/2005/CR/AM, cujo teor se transcreve:
Assunto: Resultados da auditoria/controlo de 1º nível efectuado - Projecto n.º 2000530019397 – Medida 1 do Programa Agro – Audiência prévia
Exmos. Senhores,
No âmbito das acções de controlo de primeiro nível a projectos co-financiados pelo FEOGA-O, reguladas pelo Decreto-Lei nº 168/2001, de 25 de Maio, foi a B……….., Lda. contratada pelo Gestor do Programa Operacional Agricultura e Desenvolvimento Rural (Programa AGRO) para proceder à auditoria e realizar a respectiva acção de controlo ao projecto acima referido.
Como resultado do controlo efectuado, e após diligências por nós efectuadas, detectámos as seguintes situações e obtivemos as seguintes conclusões:
a) Existem despesas do projecto pagas após o recebimento das respectivas ajudas:
Nº comprovativo da despesa
6
7
8
Total
Fornecedor
A…….. Est.Metálicas, Ldª
A……. Est.Metálicas, Ldª
C……..
Nº Factura
F 32

F 78
F 005
Valor s/ IVA
27.344,00

55.737,67
33.794,04
116.875,69

Assim, de acordo com a regra de elegibilidade nº 1 do Reg. (CE) nº 1685/2000, aquelas despesas não estavam efectivamente pagas aquando da apresentação do pedido de pagamento, tendo os meios de pagamento sido emitidos após aquele momento, pelo que foi considerado inelegível o montante de 116.875,69.
Mais se informa que a situação referida em a) poderá acarretar a devolução das ajudas respectivas pagas, acrescidas de juros legal e contratualmente devidos.
Assim, nos termos e para os efeitos do art. 101º do CPA, dispõe V. Exa. do prazo máximo de 10 dias úteis a contar da recepção da presente notificação para, querendo, dizer o que se lhe oferecer sobre os resultados do controlo efectuado, pronunciar-se sobre as conclusões acima referidas, bem como requerer diligências complementares e juntar documentos. (…).” (cf. fls. 252 e 253 do PA apenso).”
15. Em 07.06.2005, a A. endereçou uma comunicação à B………., Lda., cujo teor se transcreve de seguida:
“(…) No seguimento da v/ comunicação de 2005/05/23, referência 192/2005/CR/AM, recepcionada em 27/05/2005, temos a informar e chamar a v/ atenção para o seguinte:
1) Nem nas condições contratuais expressas no contrato de concessão de incentivos, nem em posteriores comunicações com os organismos envolvidos na apreciação e validação dos documentos apresentados no dossier do projecto em epígrafe, fomos algumas vez informados da observância dos condicionantes de pagamento das despesas do projecto que V. Exa(s) agora enunciam e questionam.
2) A A…….., apresentou atempadamente os pedidos parcelares de pagamento de incentivos em observância aos formulários disponibilizados para o efeito pelos serviços técnicos do IFADAP, com os comprovantes ali previstos e julgados necessários à [sic] data, tendo aquela documentação sido validada pelos serviços intervenientes e a respectiva aprovação e concessão daqueles pagamentos comunicada e efectuada pelos serviços competentes do IFADAP conforme comunicação em nosso poder, sem qualquer questão adicional a ser observada.
3) Em comunicação datada de 19/03/2003, que juntamos fotocópia, fomos informados das alterações finais ao subsídio aprovado, já com toda a documentação processual respectiva na posse dos organismos do IFADAP e de acompanhamento do projecto.
4) A data de assinatura do contrato é 26/09/2001.
5) Estabelece aquele contrato nas condições gerais “Execução Material do Projecto” que “…devendo a respectiva conclusão ocorrer no prazo máximo de 2 anos…”, ou seja, informa implicitamente encerramento do projecto possível até 26/09/2003.
6) Os pagamentos parcelares das facturas em questão ocorreram nas seguintes datas:
06/06/2002………………29.928,00 euros
16/07/2002………………12.985,83 euros
12/09/2002………………15.335,00 euros
08/10/2002………………12.985,83 euros
10/10/2002………………15.644,07 euros
27/05/2003………………12.985,83 euros
31/01/2003………………12.985,82 euros
22/04/2003………………10.000,00 euros
06/11/2003……………… 5.249,33 euros

7) Assim, ainda caso extremo e para nós incompreensível de termos de cumprir com os argumentos agora enunciados e para nós sempre desconhecidos e não informados, notamos que só o pagamento parcelar de 5.249,33 euros ocorreu fora do horizonte temporal de conclusão do projecto previsto no contrato, conforme referido em 5).
8) Acresce ainda que a A……….. solicitou e beneficiou de autorização de pedido de Adiantamento de Pagamentos de Incentivos nos termos da legislação aplicável, em 04/02/2002 no montante de 45.942,32 euros, que cobre o montante de incentivos que resulta dos comprovativos em causa (116.875,65) x 40 %).
9) Reiteramos a n/convicção que cumprimos integralmente com os termos contratuais e na observância das orientações recebidas dos organismos intervenientes e da estrutura técnica do IFADAP, e na maior transparência de procedimentos.
10) Pelo atrás exposto, não concordamos com a não elegibilidade das despesas indicadas na v/ comunicação, pois tratam-se de despesas inequívocas do projecto, validadas pelos serviços do IFADAP aquando da sua apresentação e pedido de pagamento de subsídio, e que caiem no horizonte temporal de concretização do projecto. (…).” (cf. fls. 250 e 251 do PA apenso).
16. Em data que não foi possível confirmar, mas que é seguramente posterior à comunicação referida no ponto anterior, a B…………, Lda., elaborou a versão final do questionário, pelo qual conclui, relativamente à A., que:
“Existem despesas do projecto pagas após o recebimento das respectivas ajudas:
Nº comprovativo da despesa
6
7
8
Total
Fornecedor
A….Est.Metálicas,Ldª
A…Est.Metálicas, Ldª
C……
Nº Factura
F 32

F 78
F 005
Valor s/ IVA
27.344,00

55.737,67
33.794,04
116.875,69
Assim, dado aquelas despesas não estarem efectivamente pagas aquando da apresentação do pedido de pagamento, não foi considerado inelegível [sic] o montante de 116.875,69 €.
Esta situação poderá implicar a devolução das respectivas ajudas pagas.
Após a notificação ao beneficiário, no âmbito da audiência prévia, este refere que não concorda com a não elegibilidade das despesas indicadas, dado tratarem-se de despesas inequívocas do projecto, validadas pelo IFADAP aquando da apresentação dos Pedidos de Pagamento.
Refere ainda a data dos pagamentos parcelares e conclui que todos foram realizados dentro do horizonte temporal de conclusão do projecto, com excepção do montante de 5.249,33 €.
Assim, manteve-se a inelegibilidade do montante de 116.875,69 €. (…).” (cf. 264 e 265 do PA apenso).
17. Em 15.09.2007, é proferido despacho pelo Gestor do Programa AGRO, cujo teor se transcreve parcialmente:
1. Dá-se aqui como reproduzido o relatório de controlo nº 1.2/2004/131 relativo ao projecto indicado em assunto, elaborado pela B…………, Lda., no âmbito da acção de controlo de 1º nível realizada ao abrigo do artigo 10.º do Regulamento (CE) nº 438/2001, da Comissão, de 2 de Março de 2001 e referente ao Plano Anual de Controlo de 2004. (…)
6. No que se refere à execução financeira, foram consideradas não elegíveis as despesas pagas após a data de emissão da autorização de pagamento, no valor de € 116.875,69 (sem IVA), em incumprimento da regra de elegibilidade nº 1 do Regulamento (CE) nº 1685/2000, da Comissão com a última redacção dada pelo Regulamento (CE) nº 448/2004, da Comissão de 10 de Março.
Aquelas despesas correspondem às facturas nº 78, de 30-03-2001, no valor de € 55 737,67 (sem IVA) e factura nº 32, de 04-02-2002, no valor de € 27 344,00 (sem IVA), ambas emitidas por A…….. – Estruturas Metálicas, Lda. E apresentadas no 2º pedido de pagamento em 05-03-2002 e à factura nº 005, de 07-07-2002 no montante de € 33 794,02 (sem IVA) emitida por C………. e entregue no 3º pedido de pagamento, em 16-07-2002.
Em sede de audiência prévia, o beneficiário alega que “Nem nas condições contratuais (…) nem em posteriores comunicações com os organismos envolvidos (…) fomos alguma vez informados da observância dos condicionantes de pagamento das despesas do projecto (…)” e que os comprovantes do investimento foram validados pelo IFADAP com a respectiva aprovação e concessão do subsídio.
Indica que aquelas facturas foram pagas de forma parcial, listando as datas e os pagamentos efectuados, e que o único pagamento parcelar que ocorre após a data de conclusão do projecto (€ 5249,33) é que poderá ser considerado não elegível.
Ora da análise dos elementos constantes no relatório de controlo e da informação do beneficiário em sede de audiência prévia, verifica-se que as facturas acima referidas foram pagas através de cheques emitidos após a data de apresentação do 2º e do 3º pedidos de pagamento, conforme quadro abaixo:

Data de entrega
Pedido de pagamento
Factura
Data
Valor (com IVA)
Pagamentos
Data de cheque
Data de extracto bancário
05-03-2002
78
32
30-03-2001
04-02-2002
65.213,07
31.992,48
29.928,00
12.982,83
12.985,83
12.985,82
12.985,33
15.535,00
06-06-2002
16-07-2002
08-10-2002
13-01-2003
27-05-2003
12-09-2003
18-06-2002
01-08-2002
04-11-2002
31-01-2003
31-05-2003
23-09-2003
16-07-2002
005
07-07-2002
40.214,88
15.644,07
10.000,00
5.249,33
10-10-2002
03-04-2003
06-11-2003
04-11-2002
30-04-2003
13-11-2003
9.231,51
retoma
Assim, as despesas não estavam efectivamente pagas aquando do seu pedido de reembolso, nem tão pouco o modo de pagamento emitido, pelo que não são elegíveis por contrariar a regra de elegibilidade nº 1 referida.
O beneficiário em audiência prévia nada refere sobre o pagamento restante da factura nº 005 da C……….., apesar de aquando da auditoria ter indicado uma retoma. Todavia, esta retoma não está datada ou documentada pelo que a mesma não é considerada como pagamento em espécie e, portanto, não é elegível.
Pelo descrito, mantém-se a inelegibilidade detectada pelos auditores.
7. Face ao exposto, propõe-se:
Considerar o projecto em situação irregular:
Considerar não elegível a despesa no valor de € 116.875,69 (sem IVA) pelos fundamentos expostos no ponto anterior desta informação, propondo ao IFAP a modificação do contrato de atribuição de ajudas com a respectiva devolução de subsídio acrescido de juros legal e contratualmente previstos, conforme artigos 11º e 12º do Decreto-Lei nº 163-A/2000, de 27 de Julho; (…).” (cf. fls. 283 a 286 do PA apenso).
18. Em 26.05.2010, o R. remeteu à A., através de carta registada com aviso de receção, a comunicação com a referência 009133/2010, com a menção “IFAP-SDA-06968/2010 26-05-2010 9:20” aposta no canto superior esquerdo, cujo teor se transcreve de seguida:
“Assunto: Programa AGRO Medida 1
N.º do Processo IRV: 01001/2010
Projecto N.º 2000530019397
Decisão Final nos termos do art. 103º do C.P.A.
Finda a fase de instrução no procedimento administrativo relativo ao assunto supra identificado e com fundamento no disposto na alínea a) do nº 2 do art. 103º do Código do Procedimento Administrativo, porquanto a coberto do ofício com a referência 192/2005/CR/AM, datado de 23/05/2005, foi essa Sociedade informada de todos os fundamentos que importaram à tomada de decisão, tendo-se pronunciado sobre os mesmos, cumpre tomar a decisão final, o que se faz, nos termos e com os fundamentos seguintes.
De acordo com as conclusões da acção de controlo de 1º nível, realizada ao abrigo do artigo 10º do Regulamento (CE) nº 438/2001, da Comissão, de 2 de Março de 2001, apurou-se uma situação de incumprimento da legislação aplicável à Medida 1 do Programa AGRO.
Com efeito, e tal como já esclarecido no supra citado ofício, constatou-se a inelegibilidade das facturas nº 78, de 30/03/2001, no valor de 65.213,087€ (com IVA) e nº 32, de 04/02/2002, no valor de 31.993,23€ (com IVA), ambas emitidas por “A…….– Estruturas Metálicas, Lda.”, apresentadas no 2º pedido de pagamento em 05/03/2002, bem como a inelegibilidade da factura nº 005, de 07/07/2002, no montante de 40.214,91€ (com IVA), emitida pelo fornecedor “C………” e entregue no 3º pedido de pagamento, em 16/07/2002, uma vez que à data da apresentação dos respectivos pedidos de pagamento, as despesas constantes nas facturas não se encontravam efectivamente pagas, incumprindo desta forma com o disposto na Regra nº 1 da Elegibilidade, anexa ao Regulamento (C.E.) nº 1685/2000, com a última redacção dada pelo Regulamento (C.E.) nº 448/2004, de 10 de Março, da Comissão.
Em resposta ao referido ofício, apresentaram uma carta datada de 07/06/2005, alegando que nem nas condições contratuais, nem em posteriores comunicações com os organismos envolvidos foram alguma vez informados da observância dos condicionantes de pagamento das despesas do projecto, referindo igualmente que toda a documentação referente ao investimento foi validada pelo IFAP com a respectiva aprovação e concessão do subsídio. Do mesmo modo, indicaram que as facturas foram pagas de forma parcial e que o único pagamento que eventualmente poderia ser considerado não elegível seria o respeitante a parte da factura da “C………” no valor de 5.249,33, de 06/11/2003, por ter sido pago - fora do horizonte temporal de conclusão previsto no contrato”.
Ora, da análise dos elementos resultantes do controlo e bem assim, das vossas alegações, verifica-se que as facturas foram pagas através de cheques após a data de apresentação do 2º e do 3º pedidos de pagamento, cfr. quadro abaixo:

Data de entrega
Pedido de pagamento
Factura
Data
Valor (com IVA)
Pagamentos
Data de cheque
Data de extracto bancário
05-03-2002
78
32
30-03-2001
04-02-2002
65.213,07
31.992,48
29.928,00
12.982,83
12.985,83
12.985,82
12.985,33
15.535,00
06-06-2002
16-07-2002
08-10-2002
13-01-2003
27-05-2003
12-09-2003
18-06-2002
01-08-2002
04-11-2002
31-01-2003
31-05-2003
23-09-2003
16-07-2002
005
07-07-2002
40.214,88
15.644,07
10.000,00
5.249,33
10-10-2002
03-04-2003
06-11-2003
04-11-2002
30-04-2003
13-11-2003
9.231,51
retoma
Desta forma, as despesas não se encontravam efectivamente pagas à data do respectivo pedido de reembolso, pelo que não podem ser consideradas elegíveis por incumprimento do disposto na supra referida Regra de Elegibilidade, que estatui que são elegíveis os pagamentos executados pelos Beneficiários devidamente comprovados pelas referidas facturas pagas (ponto 2), bem como o ponto B. das Condições Gerais do Contrato de Atribuição de Ajuda, de acordo com o qual o pagamento das ajudas depende da apresentação de documentos comprovativos da aplicação dos fundos pelos Beneficiários, ou seja, do pagamento das despesas. Acrescenta-se que a apresentação do pedido de pagamento representa, por parte dos Beneficiários, a declaração de que as despesas foram efectuadas.
Quanto ao montante de 9.231,51€ para pagamento da restante parte da factura nº 005 da “C……….”, não foi referenciado na vossa contestação, mas em sede de controlo, tinha sido indicada uma retoma, que não está datada nem documentada contabilisticamente, pelo que a mesma também não pode ser considerada elegível.
Face ao exposto, e em conformidade com o disposto nos art. 11º e 12º do Decreto-Lei nº 163-A/2000 de 27 de Julho, encontram-se reunidos os requisitos para a modificação unilateral do contrato, implicando o reembolso da quantia de 44.015,88€, considerada como indevidamente recebida, acrescida de juros contabilizados desde que as ajudas foram colocadas à vossa disposição, até à data de elaboração do presente ofício, perfazendo o capital e juros o montante total de 59.324,37€, o que aqui se determina. (…).” (cf. fls. 36 a 38 dos autos).
19. Em 24.06.2010, a A. remeteu ao R. recurso hierárquico, endereçado ao Exmo. Senhor Ministro da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas, peticionando, em suma, a declaração de nulidade da decisão final referida no ponto anterior (cf. fls. 302 a 317 do PA apenso).
20. Em 03.03.2011, foi proferido despacho pelo Exmo. Senhor Ministro da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas, sancionando o entendimento de que o recurso deveria ser rejeitado, por força da inadequação do meio procedimental empregue, e que, em qualquer dos casos, a decisão adotada pelo R. deveria ser mantida (cf. fls. 372 a 377 do PA apenso).
21. Em 09.08.2011, a A. deduziu a presente ação administrativa especial de impugnação (cf. fls. 3 dos autos).".

II. O DIREITO.

Conforme resulta das conclusões da sua alegação – que delimitam o âmbito de cognição da presente revista –, a recorrente impugna o acórdão recorrido apenas na parte em que este considerou que a auditoria realizada pela empresa “B………., Ldª” consubstanciava uma actividade instrutória do procedimento que não violava o disposto no art.º 86.º, n.º 1, do CPA (aprovado pelo DL n.º 442/91, de 15/11) e em que entendeu ser legal que se obtivesse o conhecimento da data do débito dos cheques “através da reconciliação bancária”.
Quanto à 1.ª questão, o acórdão recorrido, após transcrever o que a esse propósito era referido na sentença, aderiu ao entendimento que nela se acolhera.
Essa sentença apreciou o vício procedimental em causa, nos seguintes termos:
“(…).
A A. vem alegar que, tendo a auditoria sido realizada por uma empresa privada, o procedimento padeceria de nulidade, na medida em que esta entidade não é um órgão administrativo nem foi credenciada ou empossada, de qualquer forma, de ius imperii que lhe permitisse conduzir e dirigir a instrução do procedimento.
Mais refere a A. que, em qualquer dos casos, o R. não recebeu nem se pronunciou sobre os atos praticados pela referida entidade privada no sentido de os validar e credenciar como atos de instrução.
(…).
Cumpre apreciar.
O Decreto-Lei n.º 54-A/2000, de 07.04, veio definir “a estrutura orgânica responsável pela gestão, acompanhamento, avaliação e controlo da execução do III Quadro Comunitário de Apoio (QCA III) e das intervenções estruturais de iniciativa comunitária relativas a Portugal, nos termos do Regulamento (CE) n.º 1260/99, do Conselho, de 21 de Junho” (cf. artigo 1.º do diploma em apreço), nas quais se estriba o “Contrato de atribuição de ajuda ao abrigo do Programa AGRO – Medida 1: Modernização, reconversão e diversificação das explorações agrícolas (co-financiado pelo FEOGA – Orientação)” celebrado entre a A. e o R. (cf. facto 1. fixado supra).
A definição da referida estrutura orgânica fica, nesse âmbito, subordinada a um conjunto de princípios vetores, de entre os quais importa destacar o “Reforço dos mecanismos de controlo, acompanhamento e avaliação” (cf. alínea h) do artigo 2.º do Decreto-Lei n.º 54-A/2000 referido supra).
De acordo com o artigo 41.º do diploma em referência, “Constituem objectivos do controlo a exercer relativamente à execução das intervenções operacionais verificar se os projectos ou acções financiados foram empreendidos de forma correcta, prevenir e combater as irregularidades e recuperar os fundos perdidos na sequência de abuso ou negligência”.
Para tanto, institui-se “um sistema nacional de controlo do QCA III, constituído por órgãos que exercerão de forma articulada os controlos a três níveis, correspondendo o primeiro nível a uma forma de controlo interno, o segundo nível a uma forma de controlo externo e o alto nível à coordenação global do sistema de controlo” (cf. artigo 42.º, n.º 1).
Com interesse para a situação sub judice, estabelecem os n.os 5 e 6 do antedito artigo 42.º que o controlo de primeiro nível “compreende a fiscalização das candidaturas e dos projectos nas suas componentes material, financeira, contabilística, factual e técnico-pedagógica, ou seja, a verificação física e financeira, quer nos locais de realização do investimento e das acções, quer junto das entidades que detêm os originais dos processos técnicos e documentos de despesa” e “é assegurado pelos órgãos de gestão das intervenções operacionais e, quando necessário, por outros organismos a designar por despacho dos membros do Governo responsáveis pelas intervenções operacionais em causa, consagrando o princípio de segregação de funções”.
Nesse contexto, estatui expressamente o n.º 8 do artigo 42.º do Decreto-Lei n.º 54-A/2000 que “No âmbito do controlo das acções financiadas pelos fundos comunitários, poderá ainda recorrer-se à aquisição de serviços de auditoria externa” (sublinhado nosso).
Por seu turno, o artigo 10.º do Decreto-Lei n.º 163-A/2000, de 27.07, que estabelece “as regras gerais de aplicação do Programa Operacional de Agricultura e Desenvolvimento Rural, abreviadamente designado por AGRO”, determina que “Sem prejuízo do disposto no n.º 6 do artigo 42.º do Decreto-Lei n.º 54-A/2000, de 7 de Abril, cabe ao IFADAP assegurar o controlo de primeiro nível da execução do Programa AGRO e da Medida AGRIS.”.
Nos termos do artigo 11.º do antedito diploma, o IFADAP “pode rescindir unilateralmente os contratos em caso de incumprimento pelo beneficiário de qualquer das suas obrigações ou da inexistência ou desaparecimento, que lhe seja imputável, de qualquer dos requisitos de concessão da ajuda” e “pode, também, em caso de incumprimento, modificar unilateralmente o contrato, nomeadamente quanto ao montante das ajudas, desde que tal se justifique face às condições concretamente verificadas na execução do projecto, ou à falta ou insuficiência de documentos comprovativos”.
Ora, em face da moldura legal descrita, é possível retirar, desde já, três conclusões preliminares:
(a) O controlo de primeiro nível do projeto visado pelo contrato celebrado entre a A. e o R. cabe, em primeira linha, ao órgão de gestão nas intervenções operacionais previsto nos artigos 25.º e seguintes do Decreto-Lei n.º 54- A/2000, nos termos conjugados do n.º 6 do artigo 42.º deste diploma e do artigo 10.º do Decreto-Lei n.º 163-A/2000;
(b) Para esse efeito, o órgão de gestão nas intervenções operacionais pode recorrer à aquisição de serviços de auditoria externa (cf. n.º 8 do artigo 42.º do Decreto-Lei n.º 54-A/2000); e
(c) O R. é a entidade competente para rescindir ou modificar unilateralmente o contrato de apoio celebrado, nos termos e condições constantes do artigo 11.º do Decreto-Lei n.º 163-A/2000.
No caso concreto, resultou provado que o controlo de primeiro nível foi levado a cabo pelo “Gestor do Programa Operacional Agricultura e Desenvolvimento Rural (Programa AGRO)”, coadjuvado pela B………….., Lda.
Se, por um lado, a B……………., Lda., expressamente se refere a esta entidade na comunicação que endereçou à A., descrita no facto 14. assente supra; por outro, o referido Gestor do Programa proferiu um despacho pelo qual, baseando-se no relatório elaborado pela B…………, Lda., propôs “Considerar o projecto em situação irregular” e “Considerar não elegível a despesa no valor de € 116.875,69 (sem IVA) pelos fundamentos expostos no ponto anterior desta informação, propondo ao IFAP a modificação do contrato de atribuição de ajudas com a respectiva devolução de subsídio acrescido de juros legal e contratualmente previstos, conforme artigos 11º e 12º do Decreto-Lei nº 163-A/2000, de 27 de Julho” (cf. facto 17. assente supra).
Aqui chegados, importa agora dilucidar os termos em que a atuação do Gestor do Programa e, bem assim, da B………….., Lda., deverão ser qualificados, designadamente se a mesma é passível de ser considerada como uma atividade instrutória do procedimento.
Como tal, importa, antes de mais, definir a instrução do procedimento, em termos materiais.
A este respeito, refere Freitas do Amaral (in “Curso de Direito Administrativo”, Volume II, 2.ª edição, 2014, Almedina, página 352) que a instrução se destina, linearmente, a “averiguar os factos que interessem à decisão final e, nomeadamente, à recolha das provas que se mostrem necessárias (CPA, arts. 86.º a 99.º). Trata-se de uma fase largamente dominada pelo princípio do inquisitório (…).”.
Em termos similares, afirma Mário Aroso de Almeida que “Na instrução do procedimento, reúnem-se os elementos aptos a fundamentar a decisão. Para o efeito, são realizadas as diligências e praticados os atos jurídicos necessários para identificar e avaliar os dados de facto e de direito e ponderar os interesses envolvidos.” (in “Teoria Geral do Direito Administrativo, O Novo Regime do Código do Procedimento Administrativo”, 2.ª edição, 2015, Almedina, página 108).
A atividade instrutória é, assim, materialmente definida enquanto os atos praticados com vista a que a Administração firme a factualidade pertinente para a prolação de um qualquer ato administrativo.
Atenta a situação dos autos, poder-se-á concluir que a atuação do Gestor do Programa Operacional Agricultura e Desenvolvimento Rural e da B…………, Lda., se revela, em tese, passível de ser qualificada como uma atividade instrutória do procedimento.
Mas e o que dizer acerca da competência para a instrução do procedimento?
Cumpre compulsar o artigo 86.º do CPA:
“1 - A direcção da instrução cabe ao órgão competente para a decisão, salvo o disposto nos diplomas orgânicos dos serviços ou em preceitos especiais.
2 - O órgão competente para a decisão pode delegar a competência para a direcção da instrução em subordinado seu, excepto nos casos em que a lei imponha a sua direcção pessoal.
3 - O órgão competente para dirigir a instrução pode encarregar subordinado seu da realização de diligências instrutórias específicas.
4- Nos órgãos colegiais, as delegações previstas no n.º 2 podem ser conferidas a membros do órgão ou a agente dele dependente.”
Ora, na situação sub judice, e tal como se expendeu supra, a decisão a proferir no procedimento, consistente na rescisão ou modificação unilateral do contrato de apoio celebrado no âmbito do Programa AGRO, compete ao R. (cf. artigo 11.º do Decreto-Lei n.º 163-A/2000).
Todavia, resulta dos termos conjugados do n.º 6 do artigo 42.º do Decreto-Lei n.º 54-A/2000 e do artigo 10.º do Decreto-Lei n.º 163-A/2000 que o controlo de primeiro nível – o qual traduz, como se fez menção, uma atividade instrutória – é da competência dos órgãos de gestão das intervenções operacionais, resultando, como tal, derrogada a regra geral do n.º 1 do artigo 86.º do CPA e justificada a direção da instrução do procedimento pelo órgão de gestão do Programa Operacional Agricultura e Desenvolvimento Rural.
Posto isto, afigura-se que também a atuação da B…………., Lda., se mostra justificada.
Atenta a factualidade assente supra, não se mostra possível afirmar que o órgão de gestão do Programa Operacional Agricultura e Desenvolvimento Rural tenha abdicado da direção da instrução do procedimento.
Diversamente, a B……………, Lda., começa por fazer menção, desde logo, na comunicação endereçada à A., referida no facto 14., ter sido “contratada pelo Gestor do Programa Operacional Agricultura e Desenvolvimento Rural (Programa AGRO) para proceder à auditoria e realizar a respectiva acção de controlo”.
Por seu turno, resulta do despacho proferido pelo Gestor do Programa, constante do facto 17. fixado supra, que o mesmo lança mão do relatório elaborado pela B……….., Lda., procedendo à apreciação dos fundamentos aí aduzidos e daí retirando as suas conclusões, propondo, a final, ao R. que este modifique o contrato celebrado com a A.
Deve, assim, entender-se que o órgão de gestão do Programa Operacional Agricultura e Desenvolvimento Rural encarregou a B………., Lda., para realizar diligências instrutórias específicas, nos termos conjugados dos n.os 6 e 8 do artigo 42.º do Decreto-Lei n.º 54-A/2000, de 07.04, e do n.º 3 do artigo 86.º do CPA.
Em face do que antecede, conclui-se que o facto de a instrução ter sido assegurada por uma empresa privada, prestadora de serviços de auditoria, se mostra conforme com as disposições legais aplicáveis, inexistindo um qualquer vício procedimental a assacar a esta atuação.
Vejamos se este entendimento é de manter.
O DL n.º 54-A/2000, de 7/4, instituindo um sistema nacional de controlo, definiu a estrutura orgânica responsável pela gestão, acompanhamento, avaliação e controlo da execução do III Quadro Comunitário de Apoio (QCA III) e das intervenções estruturais de iniciativa comunitária relativas a Portugal, nos termos do Regulamento (CE) n.º 1260/99, do Conselho, de 21/6/99.
Esse sistema nacional de controlo era constituído por órgãos que o exerciam de forma articulada a três níveis, correspondendo o 1.º nível a uma forma de controlo interno, assegurado pelos órgãos de gestão das intervenções operacionais e que compreendia a fiscalização das candidaturas e dos projectos nas suas componentes material, financeira, contabilística, factual e técnico-pedagógica (cf. art.º 42.º, nºs. 1, 5 e 6 do DL n.º 54-A/2000).
Nos termos do n.º 8 desse art.º 42.º, admitia-se que, no âmbito do controlo das acções financiadas pelos fundos comunitários, se recorresse à aquisição de serviços de auditoria externa.
O Sistema Nacional de Controlo do QCA III foi regulado pelo DL n.º 168/2001, de 25/5, com aplicação subsidiária do DL n.º 54-A/2000 (cf. artºs. 1.º e 13.º), estabelecendo-se que o controlo de 1.º nível, da responsabilidade do gestor da intervenção operacional em causa, abrangia as acções de natureza concomitante e ou à posteriori das candidaturas, projectos ou acções co-financiadas, nas suas componentes material, financeira, contabilística, factual e técnico-pedagógica, ou seja, a verificação física e financeira, quer nos locais de realização do investimento e das acções, quer junto das entidades que detêm os originais dos processos técnicos e documentos de despesa (cf. art.º 5.º, nºs. 1 e 2).
O DL n.º 163-A/2000, de 27/7, fixou as regras gerais de aplicação do Programa Operacional de Agricultura e Desenvolvimento Rural, abreviadamente designado por AGRO, preceituando, no art.º 10.º, sob a epígrafe “controlo” que, sem prejuízo do disposto no n.º 6 do art.º 42.º do DL n.º 54-A/2000, cabia ao ora recorrido assegurar o controlo de 1.º nível de execução do Programa AGRO.
Resulta claramente do que ficou exposto que o controlo do 1.º nível de execução do Programa AGRO cabia ao IFAP, através do respectivo Gestor, o qual, para o efeito, podia recorrer à aquisição de serviços de auditoria externa.
E, tal como considerou o acórdão recorrido, não há dúvidas que essa auditoria consubstancia a prática de um acto incluído na instrução do procedimento administrativo em causa.
Porém, o facto de, nesse procedimento, se ter recorrido a uma empresa privada para a realização de uma determinada diligência instrutória não implica que tenha passado a ser dela a direcção da instrução e que, por esse motivo, tenha sido violado o disposto no art.º 86.º, n.º 1, do CPA.
Efectivamente, quando, ao abrigo do citado art.º 42.º, n.º 8, o órgão instrutor encarrega uma empresa privada da realização de uma diligência específica, não está a encarregá-la da direcção em geral da instrução nem perde os poderes inerentes a essa direcção na sua globalidade. E que assim sucedeu no caso vertente, resulta do facto de ter sido o gestor do Programa AGRO quem elaborou o relatório previsto no art.º 105.º, do CPA então em vigor, com o resumo do conteúdo do procedimento e a proposta de decisão que, legalmente, é da competência do órgão que dirige a instrução e que tem lugar quando este é diverso do órgão competente para decidir (cf. ponto 17 do probatório).
Portanto, neste aspecto, o acórdão recorrido não merece a censura que lhe é dirigida pela recorrente.
E o mesmo se diga quando ela sustenta a ilegalidade do acto impugnado, com o fundamento que a informação em que este se baseara para concluir pela violação da Regra de Elegibilidade n.º 1, anexa ao Regulamento (CE) n.º 1685/2000, na redacção resultante do Regulamento (CE) n.º 448/2004, da Comissão de 10/3/2004, assentara no acesso ao seu extracto bancário, quando, na comprovação das despesas a reembolsar, se deveria atender apenas às facturas e respectivos recibos de quitação.
Vejamos porquê.
O já referido Regulamento (CE) n.º 1685/2000 estabelece, no seu anexo, as regras “aplicáveis para determinar a elegibilidade das despesas no contexto das formas de intervenção previstas na alínea e) do artigo 9.º do Regulamento (CE) n.º 1260/99”, determinando, no parágrafo 2.1. da regra (de elegibilidade) n.º 1, quanto aos “Documentos Comprovativos de Despesa”, que “em regra geral, os pagamentos executados pelos beneficiários finais devem ser comprovados pelas respectivas facturas pagas. Se tal não for possível, os pagamentos devem ser comprovados pelos documentos contabilísticos de valor probatório equivalente”.
Por sua vez, o n.º 1 do art.º 32.º deste Regulamento (CE) n.º 1260/99, sob a epígrafe “Pagamentos”, dispõe, no seu parágrafo 3.º, o seguinte:
“Os pagamentos podem assumir a forma de pagamentos por conta, de pagamentos intermédios ou de pagamentos do saldo. Os pagamentos intermédios ou do saldo serão referentes às despesas efectivamente pagas, que devem corresponder a pagamentos executados pelos beneficiários finais e justificados por facturas pagas ou documentos contabilísticos com um valor de prova equivalente”.
Se é verdade que destes preceitos resulta que o pagamento da participação dos Fundos se refere às despesas efectivamente pagas pelo beneficiário final e que, em regra, estas devem ser comprovadas pelas respectivas facturas pagas ou, se tal não for possível, por documentos contabilísticos de valor probatório equivalente, já não se nos afigura possível deles extrair que os Estados-Membros, no exercício dos seus poderes de controlo sobre a veracidade das despesas apresentadas, estão limitados à análise dos documentos apresentados, não podendo efectuar quaisquer diligências probatórias.
É que os Estados-Membros são os primeiros responsáveis pelo controlo financeiro das intervenções e pela investigação das irregularidades verificadas, devendo tomar medidas de prevenção, detecção e correcção dessas irregularidades, com recuperação dos fundos perdidos na sequência destas [cf. artºs. 38.º, n.º 1, als. e) e h) e 39.º, n.º1, ambos do citado Regulamento (CE) n.º 1260/99].
Foi devido a esta primeira responsabilidade pelo controlo financeiro das intervenções operacionais que o DL n.º 54-A/2000 instituiu o Sistema Nacional de Controlo do QCA III, com o objectivo de se verificar se os projectos ou as acções financiadas tinham sido empreendidas de forma correcta e para prevenir e combater todas as irregularidades, com a recuperação dos fundos perdidos na sequência de abuso ou negligência (cf. art.º 41.º, deste diploma), estabelecendo que os técnicos que representavam as entidades que exerciam o controlo de primeiro nível, quando em serviço e sempre que necessário ao desempenho da sua função, gozavam do direito de se corresponderem com quaisquer entidades públicas e privadas sobre assuntos de interesse para o exercício das suas funções ou para a obtenção de elementos que se mostrassem indispensáveis [cf. art.º 43.º, nºs. 2 e 1, al. c)].
Para a realização deste objectivo, o contrato de atribuição de ajuda que, no caso vertente, veio a ser celebrado previa que o IFADAP e as demais competentes entidades nacionais e comunitárias pudessem, a todo o tempo e pela forma que tivessem por conveniente, fiscalizar a execução do projecto, ficando o beneficiário obrigado a prestar todas as informações que fossem julgadas necessárias ou oportunas (cf. cláusulas D.1 e D.2, constantes do ponto 2 do probatório).
Assim, atento a “ratio” da referida legislação comunitária e nacional, ao facto de não resultar dela qualquer limitação quanto aos meios de que os organismos estatais se podem servir para efectuarem o aludido controlo de primeiro nível, ao disposto no art.º 43.º, nºs. 2 e 1, al. c), do DL n.º 54-A/2000 e ao teor das cláusulas D.1 e D.2 das Condições Gerais do contrato de atribuição de ajuda celebrado entre a recorrente e o IFADAP, não se pode concluir pela ilegalidade invocada.
Portanto, improcedendo todas as conclusões da alegação da recorrente, terá de se negar provimento à presente revista.

DECISÃO

Pelo exposto, acordam em negar provimento ao recurso, confirmando o acórdão recorrido.
Custas pela recorrente.

Lisboa, 16 de Maio de 2019. – José Francisco Fonseca da Paz (relator) – Maria do Céu Dias Rosa das Neves – António Bento São Pedro.