Cumpre decidir.

2.2.1. A presente intenção recursória centra-se sobre os alegados vícios da sentença seguintes:
i) Nulidade por contradição entre os fundamentos e a decisão, porquanto se a sentença partiu da exequibilidade imediata da decisão de reposição do auxílio não pode invocar o Direito interno para obstar a tal regime [conclusão a)].
ii) Erro de julgamento quanto ao regime aplicável à penhora imposta nos autos, porquanto a sentença recorrida, ao conferir prevalência às normas de Direito Interno sobre a suspensão da execução fiscal, em detrimento das normas de Direito da União Europeia que determinam a reposição imediata dos auxílios de Estado declarados ilegais pela Comissão, ofendeu o Direito da União Europeia, em particular os princípios do primado e do efeito directo [conclusões b) a n)].
iii) Pede o reenvio prejudicial [conclusões o) e q)].
2.2.2. No que respeita ao esteio de recurso referido em i), a recorrente assaca à sentença sob escrutínio nulidade por contradição entre os fundamentos e a decisão. Afirma que está em causa a obrigatoriedade, no plano do direito interno, das decisões da Comissão de reposição dos auxílios de Estado considerados ilegais em face da conclusão a que chega o tribunal recorrido de que o regime de suspensão da execução, com prestação de garantia (artigo 169.º do CPPT), prevalece sobre a referida obrigatoriedade.
Apreciação.
Nos termos do artigo 615.º/1/c), do CPC, a sentença é nula se quando os «fundamentos estejam em oposição com a decisão ou ocorra alguma ambiguidade ou obscuridade que torne a decisão ininteligível». Esta oposição «só existe quando há contradição real entre os fundamentos e a decisão», não se aplicando «às hipóteses de contradição aparente», exigindo-se que «exista um vício real no raciocínio do julgador: a fundamentação aponta num sentido; a decisão segue caminho oposto ou, pelo menos, direcção diferente» (Acórdão do STJ, de 06.05.2004, P. 04B1409.). «[É] um vício que afecta a estrutura lógica da decisão, por contradição entre as suas premissas, de facto e de direito, e a conclusão». (Acórdão do STA, de 18-01-2023 013/19.9BALSB) «[S]e o julgador, seguindo uma determinada linha de raciocínio que aponta para uma determinada conclusão, em vez de a extrair decide noutro sentido (oposto ou divergente), há que julgar verificada a oposição prevista na primeira parte da alínea c) do artigo 615.º do CPC». (Acórdão do STA, 29-06-2022, P. 0139/21.9BALSB)
Vejamos.
Compulsando a sentença recorrida, verifica-se que a mesma inicia o seu discurso argumentativo referindo que:
«[o] que está na base dos presentes autos é a Decisão da Comissão Europeia (Decisão (UE) 2022/1414 da Comissão, de 4 de dezembro de 2020 relativa ao regime de auxílios SA.21259 (2018/C) (ex - 2018/NN) aplicado por Portugal a favor da Zona Franca da Madeira (ZFM) - Regime III), e que ordenou a Portugal, enquanto Estado-Membro, a imediata e efetiva recuperação dos auxílios concedidos, sob a forma de redução de impostos, de forma considerada ilegal (cfr. art.° 5.° da Decisão)».
Mais se referiu que «não há dúvidas de que Portugal está vinculado ao cumprimento de tal decisão». Para depois referir que «o que resulta dos autos é que a Autoridade Tributária e Assuntos Fiscais da Região Autónoma da Madeira indeferiu o pedido de suspensão do processo de execução fiscal com dispensa de prestação de garantia e, de imediato, avançou com diligências executivas, no caso um pedido de assistência mútua, que veio a dar origem a um ato de penhora por parte das Autoridades Tributárias do Luxemburgo. // Ora, como é sabido, aquela decisão de indeferimento, enquanto ato lesivo da esfera do contribuinte, está sujeita a escrutínio judicial. // Para isso, o ordenamento jurídico português prevê no art.° 276.° do Código de Procedimento e de Processo Tributário um exíguo prazo de 10 dias, findo o qual, em caso de não apresentação do competente meio de reação, se dá o trânsito administrativo da decisão, deixando a mesma de poder ser judicialmente sindicada».
Para concluir que estando a decisão administrativa de indeferimento do pedido de dispensa da prestação de garantia, associada à suspensão da execução, sujeita a reclamação judicial pendente, não pode a recorrente realizar diligências executivas, sem pôr em causa o princípio fundamental da tutela judicial efectiva, que enforma a norma do artigo 169.º do CPPT (“Suspensão da execução. Garantias”).
Nas palavras da sentença recorrida, «a Autoridade Tributária e Assuntos Fiscais da Região Autónoma da Madeira avançou para o pedido de assistência mútua quando a sua decisão de indeferimento ainda não se mostrava consolidada, podendo ser sindicada judicialmente. Mais, ao assim agir, a Autoridade Tributária e Assuntos Fiscais da Região Autónoma da Madeira acabou por retirar o efeito útil à reclamação que veio a ser apresentada da decisão de indeferimento do pedido de suspensão do processo de execução fiscal».

Da análise do teor da sentença sob escrutínio, forçoso se torna concluir que a mesma explicita o seu iter lógico, o qual liga as premissas à conclusão encontrada, pelo que a alegada contradição entre os fundamentos e a decisão não se comprova no caso.
Motivo por que se rejeita a presente imputação.
2.2.3. No que respeita ao fundamento do recurso referido em ii), a recorrente assaca à sentença sob escrutínio erro de julgamento quanto ao direito aplicável. Invoca que a prevalência conferida pela sentença recorrida às normas de direito interno relativas à suspensão da execução com a prestação (ou dispensa) de garantia são incompatíveis com os princípios do primado do Direito da União Europeia sobre o Direito interno e do efeito directo do Direito da União Europeia; que a garantia da obrigatoriedade e da exequibilidade das decisões proferidas pelas Instituições Europeias não pode estar na disponibilidade do regime de direito interno dos Estados-membros, sustenta.
Apreciação.
Nos presentes autos, está em causa o acto de penhora de crédito detido pela recorrida (n.ºs 4 e 6, do probatório) praticado na pendência de reclamação judicial intentada pela recorrida contra a decisão de indeferimento do pedido de dispensa de prestação de garantia, com vista à suspensão da execução fiscal em apreço.
A recorrente afirma que «[d]a conjugação do n.° 3 do artigo 16.° do Regulamento (UE) 2015/1589 do Conselho e dos artigos 1.°, 4.° e 5.° da referida decisão, o Estado Português está juridicamente vinculado a: // i) uma obrigação de recuperação efetuada imediatamente segundo as formalidades do direito interno português; // ii) que estas formalidades de direito interno permitam uma execução imediata e efectiva da Decisão de Recuperação; // iii) que a recuperação do auxílio se concretize no prazo de 8 meses (a contar da notificação da decisão); // iv) cumprir de obrigações de carácter informativo perante a Comissão, nomeadamente, quanto ao grau de execução da Decisão de Recuperação, incluindo informação pormenorizada sobre os montantes dos auxílios e dos juros já recuperados junto dos beneficiários».
Na análise das questões suscitadas pelo presente apelo seguiremos a linha de raciocínio expendida nos Acórdãos deste Tribunal, de 02/10/2024, P. 0268/24.7BEFUN, de 17/12/2024, P. 0248/24.2BEFUN e de 03/07/2024, P. 033/24.1BEFUN, que apreciaram situação semelhante à que está em causa nos presentes autos.
O regime da recuperação de auxílios do Estado está previsto no Regulamento (UE) 2015/1589 do Conselho, de 13 de julho de 2015, que estabelece as regras de execução do artigo 108.° do Tratado sobre o Funcionamento da União Europeia [Regulamento de reposição].
Em sede de “Recuperação de ajuda”, o preceito do artigo 16.º, n.º 1, do Regulamento de reposição, determina que: «[n]as decisões negativas relativas a auxílios ilegais, a Comissão decidirá que o Estado-Membro em causa deve tomar todas as medidas necessárias para recuperar o auxílio do beneficiário («decisão de recuperação»). A Comissão não deve exigir a recuperação do auxílio se tal for contrário a um princípio geral de direito da União».
Por se turno, o n.º 3 do preceito estabelece que «[s]em prejuízo de uma decisão do Tribunal de Justiça da União Europeia nos termos do artigo 278.^o do TFUE, a recuperação será efetuada imediatamente e segundo as formalidades do direito nacional do Estado-Membro em causa, desde que estas permitam uma execução imediata e efetiva da decisão da Comissão. Para o efeito e na eventualidade de um processo nos tribunais nacionais, os Estados-Membros interessados tomarão as medidas necessárias previstas no seu sistema jurídico, incluindo medidas provisórias, sem prejuízo da legislação da União».
No caso em exame, dos elementos coligidos no probatório resulta que correm contra a recorrida processos de execução fiscal por dívidas relativas ao IRC de 2014, 2015 e 2017 - recuperação de auxílios (n.º 1); que a recorrida apresentou requerimento visando a suspensão do processo de execução fiscal com dispensa de prestação de garantia (n.º 2), o qual acabou por ser indeferido, com a decisão notificada em 09/09/2024 (n.º 3); em 13/09/2024, a Autoridade Tributária e Assuntos Fiscais da Região Autónoma da Madeira enviou às Autoridades Tributárias do Luxemburgo um pedido de assistência na cobrança (n.º 4); em 19/09/2024, foi apresentada reclamação judicial daquela decisão de indeferimento do pedido de suspensão do processo de execução fiscal com dispensa de prestação de garantia, a qual corre termos no TAF Funchal sob o número 565/24.1BEFUN (n.º5); fruto do pedido de assistência identificado anteriormente, a Reclamante foi notificada em 26/11/2024 pelas Autoridades Tributárias do Luxemburgo da penhora de um crédito que detinha sob a sociedade B... S.A. (n.º 6).
Nos termos do artigo 169.º, n.º 1, do CPPT, «[a] execução fica suspensa até à decisão do pleito em caso de reclamação graciosa, a impugnação judicial ou recurso judicial que tenham por objeto a legalidade da dívida exequenda (…) desde que tenha sido constituída garantia nos termos do artigo 195.º ou prestada nos termos do artigo 199.º ou a penhora garanta a totalidade da quantia exequenda e do acrescido (…)». Nos termos do artigo 52.º, n.º 4, da LGT, a AT pode, a requerimento do executado, mediante a verificação de certos pressupostos, dispensá-lo da prestação de garantia.
A questão suscitada nos autos consiste em saber se, na pendência de reclamação judicial de impugnação de acto de indeferimento do pedido de suspensão da execução fiscal, com dispensa de garantia, a AT pode realizar diligências executivas e praticar actos de penhora, como sucedeu no caso em exame. Não está em causa a legalidade da decisão de reposição do auxílio em apreço, nem saber se é admissível (ou não) a suspensão da execução na situação em apreço, mas antes saber se, na pendência de reclamação judicial, interposta ao abrigo do disposto no artigo 276.º do CPPT, a AT pode realizar diligências executivas no âmbito da referida execução, ou se a pendência da reclamação judicial implica o efeito suspensivo provisório da execução até ao trânsito em julgado da sentença que decida de tal reclamação judicial.
«[N]ão existindo qualquer decisão judicial transitada em julgado sobre a questão, particularmente, não existindo qualquer sentença transitada em julgado que tenha declarado legal o indeferimento de prestação de garantia proferido pela recorrente [ou o indeferimento do pedido de dispensa de prestação de garantia] de que foi interposta reclamação ao abrigo do artigo 276.º do CPPT, inexiste qualquer fundamento capaz de sustentar a legalidade do acto impugnado» (Acórdão do STA, de 02-10-2024, P. 0268/24.7BEFUN).
Mais se refere que: «[é] possível dizer, em certo sentido, que uma norma que obste à execução imediata de uma decisão (no caso, a execução de uma decisão que indefere o pedido de suspensão da execução mediante a prestação de uma garantia e no prazo concedido pela lei para reclamar dessa decisão tem um efeito suspensivo provisório: o de paralisar a execução dessa mesma decisão dentro desse prazo. // Mas não se trata, propriamente, de um efeito de suspender a marcha do processo de execução. // Por um lado, porque não impede a prática dos atos que não contendam com aquela decisão. // Por outro lado, porque a execução não se encontra suspensa quando decorrem os prazos de que depende o seu prosseguimento» (Acórdão do STA, de 17-12-2024, P. 0248/24.2BEFUN). Com efeito, «quando decorre um prazo na própria execução, o processo não se encontra a aguardar nenhum ato ou decisão, mas a cumprir as formalidades que lhe permitem avançar para a fase seguinte. // É que a função dos prazos processuais (entendendo-se como tal os prazos para a prática de atos no processo ou para a produção de efeitos jurídicos) não é a de suspender a tramitação do processo, mas a de regular o seu andamento, permitindo a sucessão dos atos que a constituem. // Isso sucede mesmo quando estejam em causa prazos dilatórios, que abrandam o progresso dos autos para assegurar a realização e a eficácia dos objetivos processuais e, em última análise, a conclusão do processo nos termos da lei» (Acórdão do STA, de 17-12-2024, P. 0248/24.2BEFUN).
Em face do exposto, não se vê que do cumprimento das regras de Direito interno que impõem a suspensão provisória da execução até ao trânsito em julgado da sentença que venha a declarar legal o acto de indeferimento do pedido de suspensão da execução fiscal, associado ao pedido de dispensa da prestação de garantia, ocorra ofensa ao Direito da União Europeia relativo à reposição de auxílios de Estado declarados desconformes com tal Direito. A leitura atenta do preceito do artigo 16.º, n.º 3, do Regulamento de Recuperação, não permite outra solução que não seja a de que a exequibilidade imediata das decisões da Comissão Europeia de recuperação de auxílios de Estado ilegais não pode ser assegurada sem a observância dos trâmites da execução fiscal, nos quais se inclui a faculdade do executado deduzir reclamação judicial, com tramitação urgente, dos actos praticados pela AT na execução, como seja o indeferimento do pedido de dispensa de prestação de garantia, em causa nos presentes autos.
A recorrente, nas conclusões i) e j), invoca jurisprudência que considera justificar a não aplicação do Direito interno ao caso, afirmando que «as normas de direito interno que prevêem a suspensão do processo de execução fiscal, mediante a prestação de garantia ou de isenção (ou dispensa) da mesma, são incompatíveis com o direito da União Europeia, designadamente, com a decisão da Comissão Europeia - Decisão (UE) 2022/1414, de 04/12/de 2020 - e com o Regulamento (UE) 2015/1589 do Conselho».
Vejamos.
É verdade que o artigo 5.º, n.º 1, da Decisão (UE) 2022/1414 da Comissão, de 4 de dezembro de 2020, relativa ao regime de auxílios SA.21259 (2018/C) (ex-2018/NN) aplicado por Portugal a favor da Zona Franca da Madeira (ZFM) — Regime III, estatui que «[a] recuperação dos auxílios concedidos ao abrigo do regime previsto no artigo 1.^o deve ser imediata e efetiva». Bem assim estabelece o preceito do artigo 16.º, n.º 3, do Regulamento de Reposição que «a recuperação será efetuada imediatamente e segundo as formalidades do direito nacional do Estado-Membro em causa».
A este propósito, este Tribunal teve ocasião de referir (sem que existam razões para daí divergir) o seguinte (Acórdão do STA, de 17-12-2024, P. 0248/24.2BEFUN):
«A jurisprudência do Tribunal de Justiça da União Europeia que a Recorrente cita a este propósito também não contrapõe a este entendimento. // No acórdão de 5 de outubro de 2006 – processo C-232/05 – estava em causa a atribuição de efeito suspensivo automático às ações intentadas contra as ordens de pagamento emitidas para a recuperação do auxílio concedido, impedindo que estas se tornassem exequíveis (e, por conseguinte, que fossem instauradas as correspondentes execuções). A situação ali tratada difere da dos autos, visto que não está em causa nem a exequibilidade das decisões nem a instauração das execuções respetivas. // No acórdão de 18 de julho de 2007 – processo C-119/05 – estava em causa a aplicação de uma norma do Código Civil italiano que, na prática, impedia (definitivamente, a recuperação de auxílios estatais concedidos em violação do direito comunitário. // Como é evidente, esta questão nem sequer se coloca nos autos, visto que não está em causa nenhuma norma que impeça (definitivamente) a recuperação dos auxílios estatais. // Finalmente, no caso do acórdão da Secção Administrativa do Supremo Tribunal Administrativo de 6 de outubro de 2005, proferido no processo 02037/02, estava em causa saber se poderia opor-se à revogação do ato que concedeu a ajuda estatal o prazo de revogação dos actos inválidos do artigo 141.º do Código de Procedimento Administrativo de então. Também aqui, por isso, o que estava em causa era a legalidade ou exequibilidade da decisão que determina a recuperação do auxílio e não o prosseguimento da execução ou a observância de formalidades na mesma».
Em síntese, as normas de Direito interno que condicionam a realização de diligências executivas nos processos de execução em apreço à existência de sentença transitada em julgado que declare legal o acto que indefere o pedido de suspensão da execução, associado ao pedido de dispensa de prestação de garantia, não colidem com o dever de execução imediata e efetiva da decisão de reposição dos auxílios em causa.
A suspensão provisória do processo de execução implicada pelo dirimir dos pressupostos da dispensa da prestação de garantia, a analisar no âmbito da reclamação judicial do acto de indeferimento do pedido de dispensa de garantia (artigo 276.º do CPPT) está sujeita a critérios de legalidade estrita (artigos 169.º/1, do CPPT e 52.º/4, da LGT), pelo que o entendimento da recorrente segundo o qual a garantia da exequibilidade imediata da decisão exequenda exigiria o decretamento da penhora em apreço sem a observância dos trâmites previstos nos normativos em referência ofende o princípio constitucional e de Direito da União Europeia da tutela judicial efectiva (artigos 20.º, n.º 1, da CRP e 47.º da Carta dos Direitos Fundamentais da União Europeia) e o próprio preceito do artigo 16.º, n.º 3, do Regulamento de Reposição, dado que postula a efectivação da execução das decisões em causa, sem a observância das formalidades de direito interno, nomeadamente, das que são ordenadas às garantias de defesa do executado. Não se apuram, pois, as alegadas preterições dos princípios do primado do Direito da União Europeia, do efeito direto do mesmo, nem a inconstitucionalidade material que aos mesmos estaria ligada.
O entendimento veiculado pela recorrente colide com o carácter judicial do processo de execução fiscal (artigo 103.º/3, da LGT), ao não permitir o dirimir no processo judicial adequado (reclamação judicial do artigo 276.º do CPPT) dos direitos e interesses que assistem ao executado.
Mais se refere o seguinte (Acórdão do STA, de 03/07/2024, P. 033/24.1BEFUN):
«A Autoridade Tributária não pode, no plano ad hoc, adaptar o regime legal da execução fiscal, especialmente no que respeita às garantias dos contribuintes, de modo a assegurar o que depreende serem os imperativos do Direito da União Europeia. Sobretudo se o fizer com base numa comunicação da Comissão que reveste a natureza de uma recomendação, sem caráter vinculativo, (…) //. Não cabe, portanto, à Autoridade Tributária modelar o que é ou não possível no âmbito da execução tributária, truncando garantias e subtraindo expedientes, substituindo-se, assim, ao legislador na criação de um regime de execução específico para dívidas decorrentes da recuperação de benefícios fiscais. (…) // Moldar de forma livre o processo de execução implicaria ainda uma discriminação intolerável dos sujeitos passivos que se vissem envolvidos numa execução por uma dívida fiscal que tivesse origem na recuperação de um auxílio de Estado; face a outros sujeitos passivos que devessem uma quantia exatamente igual ou superior, por razões até de maior censura, designadamente por sonegação de rendimentos, erros grosseiros ou deliberados em termos da contabilidade, só para dar alguns exemplos. Não podemos esquecer que a dívida fiscal só surgiu porque o Estado Português viu, no âmbito de uma decisão da Comissão, a vantagem fiscal que criou e que foi legitimamente aproveitada pelos sujeitos passivos, subitamente retirada».
Em face do exposto, impõe-se confirmar a sentença recorrida e negar provimento ao recurso, nesta parte.
2.2.4. No que respeita ao fundamento do recurso referido em iii), relativo ao pedido de reenvio prejudicial ao TJUE, cumpre referir o seguinte.
Apreciação. O artigo 267.º do TFUE estabelece que «[s]empre que uma questão [sobre a interpretação do Direito da UE] seja suscitada em processo pendente perante um órgão jurisdicional nacional cujas decisões não sejam suscetíveis de recurso judicial previsto no direito interno, esse órgão é obrigado a submeter a questão ao Tribunal» (JOUE, 26.10.2012, https://eur-lex.europa.eu/legal-content/PT/TXT/?uri=celex%3A12012E%2FTXT.). Todavia, a questão de Direito da União Europeia suscitada pela recorrente não tem pertinência para a resolução do litígio, porquanto tal resolução não convoca a aplicação de normas de Direito da União Europeia, incluindo as invocadas pela recorrente, estando a mesma circunscrita a normas de direito interno, como resulta da presente fundamentação. Como se refere no Acórdão do STA, de 17/12/2024, P. 0248/24.2BEFUN, que apreciou situação semelhante à que está em causa nos autos,
«o Supremo Tribunal Administrativo já proferiu algumas decisões sobre matérias equivalentes à dos autos, tendo decidido sempre sem considerar necessário o reenvio prejudicial (ver os acórdãos de 11 de setembro de 2024, e de 2 de outubro de 2024, tirados nos processos n.ºs 143/24.5BEFUN e 268/24.7BEFUN…). Pelo que se deve entender que nesta matéria se firmou uma posição maioritária na Secção e que deve ser aqui seguida, até para cumprimento do dever de promover uma interpretação e aplicação uniformes do direito, consagrado no artigo 8.º, n.º 3, do Código Civil».
Motivo por que se impõe rejeitar o presente requerimento.
2.2.5 No que respeita ao pedido de dispensa do remanescente da taxa de justiça, cumpre referir o seguinte.
«Nas causas de valor superior a (euro) 275 000, o remanescente da taxa de justiça é considerado na conta a final, salvo se a especificidade da situação o justificar e o juiz de forma fundamentada, atendendo designadamente à complexidade da causa e à conduta processual das partes, dispensar o pagamento» [artigo 6.º/7, do RCP]. O valor da causa é de €418.041,67. No caso em exame, os autos não preenchem nenhum dos requisitos negativos enunciados, no artigo 6.º/7, do RCP, com vista a aferir da especial complexidade dos mesmos. Por outras palavras, a especialidade da causa não é de molde a afastar o limiar do valor de €275.00,00, dado que a complexidade ou especificidade não justificam a imposição de encargos dissuasores do acesso à justiça. O mesmo se diga do comportamento processual das partes, o qual se pautou pelo cumprimento do dever de boa fé processual. Por outras palavras, atendendo à lisura do comportamento processual das partes e considerando a relativa complexidade do processo, afigura-se ser de deferir o pedido quanto à dispensa do pagamento da taxa de justiça na conta final. Pelo exposto, impõe-se deferir o pedido de dispensa de pagamento do remanescente da taxa de justiça, ao abrigo do disposto no artigo 6.º/7, do RCP. Termos em que se procederá no dispositivo.