Conclui:

A) Sendo que o n.º 4 do artigo 225º da LGTFP (aprovada pela Lei n.º 35/2014), dispõe que “[o] recurso hierárquico ou tutelar suspende a eficácia do despacho ou da decisão recorridos…” e que a al. c) do n.º 1 do artigo 3º do Decreto-Lei n.º 4/2015 preceitua que “[as] impugnações administrativas existentes à data da entrada em vigor do presente decreto-lei só são necessárias…” quando refiram que a sua utilização “…«suspende» ou «tem efeito suspensivo», deve concluir-se que uma decisão disciplinar emanada de um órgão hierarquizado, susceptível de ser impugnado graciosamente naqueles termos, i. é, não sendo verticalmente definitivo, é ainda irrecorrível.
B) Pelo que, a fundamentação e decisão do Tribunal a quo, - transcrevendo: “Assim, o despacho do Diretor-Geral de Reinserção e Serviços Prisionais, de 2 de Março de 2018, que, no âmbito do processo disciplinar n.º 1123-D/2017, lhe aplicou a sanção disciplinar de repreensão escrita, era, por si mesmo, um acto administrativo imediatamente impugnável, atento o princípio geral consignado pelo artigo 51.º, n.º 1, do CPTA.
Deste modo, verificam-se todos os pressupostos da caracterização dos actos confirmativos. E sendo o acto impugnado um acto meramente confirmativo, o mesmo não se configura como um acto lesivo e, nessa medida, não é contenciosamente impugnável.”, decidindo, a final que: “…procede na íntegra a exceção de inimpugnabilidade da decisão de 30.07.2018 tal como invocada pela Entidade Demandada, o que conduz à sua absolvição da instância.
Face à procedência da excepção dilatória inominada aqui em causa, e nos termos da alínea i) do n.º 4 do artigo 89.º do CPTA, não poderá a presente acção prosseguir, por ocorrerem razões que obstam ao conhecimento do respectivo mérito.” - por contender com a interpretação conjugada daqueles preceitos, padece de vício de violação de lei.
C) Por via da natureza necessária da impugnação administrativa, prevista do artigo 225º da LGTFP, o A./Recorrente apenas poderia impugnar contenciosa/jurisdicionalmente uma decisão disciplinar aplicada pelo Director-Geral da Reinserção e Serviços Prisionais após dela ter apresentado recurso hierárquico e deste ter obtido decisão, pois, até então, não se encontrava disponível “via contenciosa”. Esse acto primário, datado de 2/3/2018, sem prévia impugnação graciosa, é irrecorrível.
D) A jurisprudência do Supremo Tribunal Administrativo tem decidido pela impugnabilidade jurisdicional das decisões disciplinares que não sejam verticalmente definitivas, nomeadamente como se explanou nos seus acórdãos de 8/6/2017, proferido no proc. n.º 0647/17, e de 13/3/2019, proferido no processo n.º 0358/18.5BESTN, supra parcialmente transcritos, destacando-se deste: “As instâncias classificaram o recurso hierárquico como necessário e, pese embora, esta questão não se mostrar controversa, ela mostra-se crucial para a decisão que viermos a tomar, sendo que, a natureza do recurso, como infra referiremos, se mostra acertada, mostrando-se correta a solução aduzida no Acórdão recorrido, quando em síntese, conclui: «por força do regime previsto nos artºs 224º e 225º, nº 4 LTFP, a impugnação administrativa das decisões disciplinares sob a forma de recurso hierárquico ou tutelar, com atribuição expressa de efeito suspensivo da eficácia do acto recorrido, por disposição expressa do artº 3º, nº 1, al. c) do DL 4/2015 de 07.01, diploma que aprovou a revisão do CPA, assume a natureza de impugnação necessária, tal como estabelece o artº 189º, nº 1, CPA/revisão de 2015».”. (http://www.dgsi.pt/jsta.nsf/35fbbbf22e1bb1e680256f8e003ea931/8b4b4bf9a929e1e3802583be00507aa1?OpenDocument&ExpandSection=1).
E) Sendo que acto primário não é imediatamente impugnável, não podemos falar em relação de confirmatividade, pelo que o acto secundário, pelo que, a decisão recorrida viola violou o disposto na al. c) do n.º 1 do artigo 3º do Decreto-Lei n.º 4/2015, conjugado com o disposto no n.º 4 do artigo 225º da LGTFP, e, consequentemente, o preceituado no artigo 51º do CPTA, bem como o direito à tutela jurisdicional efectiva, consagrado no artigo 20º da Constituição, pelo que deve ser revogada.

Contra-alegou o réu, dando em conclusões:

A. A sentença do Tribunal Administrativo e Fiscal de Coimbra (TAFC) de 5 de julho de 2019, que julgou totalmente procedente a exceção dilatória da inimpugnabilidade do ato impugnado pelo Autor/Recorrente, não padece de qualquer invalidade, concretamente de violação de lei, e deve-se manter, pela sua confirmação, na ordem jurídica.
B. Ao contrário, as alegações de recurso apresentadas pelo Recorrente são infundadas e não encontram arrimo no bloco legal vigente e aplicável à situação em apreço, impondo a total improcedência do recurso.
C. O despacho da Senhora Secretária de Estado Adjunta e da Justiça de 30 de julho de 2018, que indeferiu o recurso hierárquico interposto pelo Autor/Recorrente, é um ato confirmativo do despacho do Diretor-Geral de Reinserção e Serviços Prisionais de 2 de março de 2018 que, no âmbito do processo disciplinar n.º 1123-D/2017, lhe aplicou a sanção disciplinar de repreensão escrita, que não é impugnável.
D. Ao invés, verifica-se que o citado ato do Diretor-Geral da Reinserção e Serviços Prisionais de 2 de março de 2018, que foi notificado em 9 de março de 2018, é um ato direta e imediatamente impugnável, por força do disposto nos artigos 51.º do CPTA e 224.º e 225.º da LTFP.
E. A lei determina, expressamente, em disjunção, admitindo a possibilidade de acesso, direto e imediato, aos tribunais ou a prévia utilização de maios impugnatórios, pelo interessado, que «Os atos proferidos em processo disciplinar podem ser impugnados hierárquica ou tutelarmente, nos termos do Código do Procedimento Administrativo, ou jurisdicionalmente» (artigo 224.º da LTFP).
F. E reforça este entendimento ao estabelecer, no n.º 1 do artigo 225.º da LTFP, que «O trabalhador ou o participante podem interpor recurso hierárquico ou tutelar dos despachos e das decisões que não sejam de mero expediente, proferidas pelo instrutor ou pelos superiores hierárquicos», em alternativa, à possibilidade de impugnar jurisdicionalmente o ato proferido em processo disciplinar, após a sua notificação ou na pendência da impugnação administrativa (nº 4 do artigo 190.º do CPA e nº 5 do artigo 59.º do CPTA).
G. Se não fosse essa a intenção do legislador, ele teria omitido a referência à opção da impugnação jurisdicional, limitando-se a fazer referência aos meios de impugnação administrativa, ao recurso hierárquico e tutelar, remetendo a previsão do acesso aos meios contenciosos impugnatórios para outra sede que não a da utilização dos meios administrativos impugnatórios.
H. A intenção do legislador é a que se encontra clara expressamente exarada na lei e a que tem sido acolhida pela maioria da jurisprudência dos tribunais centrais administrativos e do Supremo Tribunal Administrativo ao decidir pela impugnabilidade jurisdicional das decisões disciplinares, que sejam ou não precedidas da utilização dos meios graciosos de impugnação, por serem atos impugnáveis direta e imediatamente para os tribunais (artigo 51.º do CPTA), como, aliás, reconhece o próprio Autor/Recorrente.
I. O recurso hierárquico no âmbito do processo disciplinar é uma das situações que concretiza o tipo de impugnação administrativa prevista no citado artigo 189.º, n.º 2 do CPA - recurso de natureza facultativa e com efeito suspensivo, porque a lei assim expressamente dispõe, (nºs 1 e 4 do artigo 225.º da LTFP), ao consagrar que no âmbito dos processos disciplinares o trabalhador e o participante podem interpor recurso hierárquico ou tutelar (natureza facultativa do recurso) e que este recurso hierárquico facultativo suspende a eficácia do despacho ou da decisão recorridos (efeito suspensivo do recurso).
J. No caso concreto, não houve uma alteração do ato do órgão subalterno pelo ato do órgão superior, em sede de recurso hierárquico, o que obstava à impugnabilidade do ato confirmativo da Secretária de Estado Adjunta e da Justiça de 30 de julho de 2018, notificada em 22 de agosto de 2018, nos termos da douta sentença a quo, que se subscreve e que aqui se dá por integralmente reproduzida.
K. Havia apenas um único ato impugnável, de facto e de Direito: o ato do órgão subalterno, concretamente, o ato do Diretor-Geral da Reinserção e Serviços Prisionais de 2 de março de 2018, que foi notificado em 9 de março de 2018, de cuja impugnação dependia o acesso aos meios contenciosos impugnatórios.
L. Neste sentido, refere-se na lei que a prévia utilização de meios administrativos de impugnação «não impede o interessado de proceder à impugnação contenciosa do ato [do órgão subalterno por não haver outro] na pendência da impugnação administrativa» (nº 4 do artigo 190.º do CPA e nº 5 do artigo 59.º do CPTA), após o decurso do prazo legal do recurso hierárquico e sem que haja sido tomada uma decisão (nº 3 do artigo 190.º do CPA e nº 4 do artigo 59.º do CPTA).
M. A tempestividade da prática do ato processual é um pressuposto da impugnabilidade do ato impugnável e da possibilidade de acesso aos meios contenciosos de impugnação, cuja ausência obsta a que o tribunal conheça do mérito da causa, dando lugar à absolvição da instância, o que se verifica nos termos decididos na sentença a quo que aqui se reitera.
N. A possibilidade de acesso aos meios contenciosos de impugnação inicia-se a partir da notificação do ato impugnável, através da impugnabilidade jurisdicional direta e imediata do ato impugnável, o ato do órgão do subalterno e, em caso de prévia utilização dos meios de impugnação administrativa, suspende-se durante esta utilização e reabre-se com a notificação da decisão confirmativa proferida sobre a impugnação administrativa ou o decurso do respetivo prazo legal, sem que haja sido proferida uma decisão, consoante o que ocorra em primeiro lugar (nº 3 do artigo 190.º do CPA e nº 4 do artigo 59.º do CPTA).
O. O acesso à via contenciosa iniciou-se com a notificação do ato impugnável, como se viu, em 9 de março de 2018, suspendeu-se desde a data em que se iniciou a utilização do recurso hierárquico, em 20 de março de 2018, até se esgotar o respetivo prazo legal, que ocorreu em 29 de maio de 2018, segundo a sentença, recorrida, e (re)abriu-se em 30 de maio de 2018, na pendência da impugnação administrativa, sem que nesta data haja sido tomada uma decisão.
P. Ora, o Autor/Recorrente interpôs a ação administrativa em 16 de outubro de 2019, ou seja, muito para além do prazo de três meses, previsto na alínea a) do nº 1 do artigo 58.º do CPTA, para a impugnação contenciosa de atos administrativos.
Q. Impõe-se ainda acrescentar que, no caso em apreço, a abertura da via contenciosa não ocorre no quadro da distinta natureza dos meios administrativos de impugnação, em função dos efeitos da impugnação, até porque é a lei que atribui expressamente efeito suspensivo à impugnação administrativa facultativa do ato administrativo (n.º 2 do artigo 189.º do CPA), nem do respetivo prazo legal por este ser o mesmo, ou seja, 45 (15+30) dias úteis (artigos 195.º e 198.º do CPA).
R. A abertura da via contenciosa, no prazo de três meses, inicia-se pela possibilidade de impugnabilidade jurisdicional direta e imediata do ato impugnável, suspende-se durante a prévia utilização de meios administrativos de impugnação e retoma o seu curso após o decurso do respetivo prazo legal, sem que haja sido proferida uma decisão, na pendência da impugnação administrativa, por ter sido este decurso que ocorreu em primeiro lugar (n.º 3 do artigo 190.º do CPA e n.º 4 do artigo 59.º do CPA).
S. Nesta linha, terá de improceder o invocado pelo Autor/Recorrente ao afirmar que só após a decisão do recurso hierárquico surgiria o ato impugnável e se abriria a via contenciosa.
T. Por conseguinte, citando a sentença recorrida, «Pelos motivos invocados, procede na íntegra a exceção de inimpugnabilidade da decisão de 30/07/2018 tal como invocado pela Entidade Demandada, o que conduz à sua absolvição da instância. Face à procedência da exceção dilatória inominada aqui em causa, e nos termos da alínea i) do nº 4 do artigo 89.º do CPTA, não poderá a presente ação prosseguir, por ocorrerem razões que obstam ao conhecimento do respetivo mérito».
U. Conclui-se assim pela total falta de razão da argumentação expendida pelo Recorrente nas alegações de recurso e pela inexistência dos invocados vícios de violação de lei apontadas à douta decisão recorrida que se deve confirmar, julgando totalmente improcedente o presente recurso.