Cumpre apreciar e decidir as questões colocadas pelo Recorrente, estando o objecto do recurso delimitado pelas conclusões das respectivas alegações, o que importa a análise dos custos em matéria de reintegrações e amortizações no ano de 1991, contabilizados e declarados pela referenciada herança e que foram excluídos, enquanto tais, pela Administração Fiscal e bem assim da matéria dos subsídios relacionados com as vacas aleitantes e os novilhos de engorda, cujo montante foi acrescido à matéria colectável da herança referente a 1991.

Assente a factualidade apurada cumpre, então, entrar na análise da realidade em equação nos autos e que se prende com a análise dos custos em matéria de reintegrações e amortizações no ano de 1991, contabilizados e declarados pela referenciada herança e que foram excluídos, enquanto tais, pela Administração Fiscal e bem assim da matéria dos subsídios relacionados com as vacas aleitantes e os novilhos de engorda, cujo montante foi acrescido à matéria colectável da herança referente a 1991.
Nas suas alegações, a Recorrente aponta que os custos em matéria de reintegrações e amortizações no ano de 1991, contabilizados e declarados pela referenciada herança, foram indevidamente excluídos, enquanto tais, pela Administração Fiscal, acolhidos e reconhecidos pela douta sentença recorrida, da matéria colectável apurada e declarada pela mesma herança e por isso, erradamente, a ela acrescidos pela Administração fiscal, originando a liquidação adicional de IRC e juros compensatórios, imputadamente àquele ano de 1991 e à dita herança, com repercussão em cada um dos 5 herdeiros, entre eles o recorrente, no seu IRS de 1991, cuja liquidação cada um deles impugnou autonomamente, sendo que este comportamento, reconhecido e sancionado pela douta sentença recorrida, foi indevido pois violou regras legais imperativas, erradamente interpretadas e aplicadas, além de que os subsídios relacionados com as vacas aleitantes e os novilhos de engorda, cujo montante foi acrescido à matéria colectável da herança referente a 1991, foram por esta requeridos nesse ano, porém, só reconhecidos, quantificados e pagos em 1992, quando a herança, porque entretanto cessara a sua actividade em 31/12/1991, já não existia enquanto entidade tributária; qualidade em que fora sucedida a partir de 01/01/1992, pela B...Lda, que foi a beneficiária efectiva desses subsídios e por eles tributada quanto a 1992.

Neste domínio, importa relembrar que consta do probatório que:
C) As correcções técnicas que redundam em tal valor consubstanciaram-se na redução dos custos de 39.474.680$00 para 29.652.723$00 com os seguintes fundamentos:
a) “contabilizou como custo a quantia de 111.300$00, constante do registo nº 61 cujo encargo não se encontra devidamente documentado;
b) contabilizou indevidamente como custo a quantia de 1.000$00 constante do registo nº 145 referente a multas, coimas e demais encargos pela prática de infracções;
c) contabilizou indevidamente como custos a quantia de 6.574$00 constante do registo nº 5 e referente a telefone cujos encargos foram suportados;
d) contabilizou indevidamente como custos a quantia de 9.700.083$00 que constituem o somatório das reintegrações do exercício (7.406.107$00), mais as dos exercícios anteriores (2.293.976$00), valores evidenciados em cada um dos mapas de reintegrações e amortizações de elementos do activo imobilizado corpóreo juntos ao anexo B1 da declaração mod. 2 de 91 e que o s.p. levou ao quadro 11 do referido anexo na rubrica “indemnizações resultantes de eventos cujo risco não seja segurável”. Tal procedimento não devia ser feito uma vez dada a cessação em 31/12/1991 e tendo-se operado a transmissão para a Sociedade B..., Lda”.
D) Do mesmo modo foram corrigidos os proveitos declarados pelo sujeito passivo de 60.282.940$00 para 63.037.813$00 com os seguintes fundamentos:
a) não acresceu aos proveitos a mais valia fiscal de 1.165.853$00 resultante da venda do tractor MF-135 pelo valor de 1.350.000$00 que tinha sido adquirido em 1987 por 400.000$00 que foi calculada tendo em conta as reintegrações efectuadas de 266.560$00 e o coeficiente de desvalorização da moeda de 1,38 (…)
b) não acresceu aos proveitos a mais valia fiscal de 135.000$00 resultante da venda do Jeep Land Rover, incluído no imobilizado em 1987, já completamente reintegrado e vendido por 135.000$00;
c) ao total dos proveitos e pelo princípio da especialização dos exercícios consignado no art. 18º do CIRC, acresce-se ainda o valor dos subsídios das vacas aleitantes no total de 853.051$00 e o prémio aos novilhos de engorda no montante de 600.987$00 que foram recebidos depois da cessação mas que se referem ao ano de 1991.

Nesta matéria, e com referência ao princípio da especialização dos exercícios, cabe notar, como se refere no Ac. deste Tribunal de 28-06-2011, Proc. nº 02477/08, www.dgsi.pt, que “a vida de uma unidade económica não possui, em regra, qualquer limitação temporal, caracterizando-se pelo desenvolvimento de uma actividade de duração ilimitada, facto, aliás, que suporta a previsão, em sede do direito contabilístico, do princípio da continuidade da exploração. Porém, a actividade da unidade económica evolui em diversas fases, temporalizadas por exercícios económicos, genericamente coincidentes com o ano civil, realidade que alicerça, em termos de contabilização e de tributação, a previsão do princípio da especialização ou do acréscimo, ínsito no artº.18, do C.I.R.C. (cfr.artº.22, do anterior C.C.I.), o qual determina que os proveitos e os custos devem ser imputados ao período a que respeitam, independentemente do seu recebimento ou pagamento. Por outra palavras, em determinado exercício, devem ser contabilizados os proveitos, e também os custos, que nele efectivamente tenham sido realizados (cfr. ac.S.T.A.-2ª.Secção, 2/4/2008, rec.807/07; J.L.Saldanha Sanches, A Quantificação da Obrigação Tributária, Deveres de Cooperação, Autoavaliação e Avaliação Administrativa, 2ª. Edição, Lex, 2000, pág.224 e seg.;António Moura Portugal, A Dedutibilidade dos Custos na Jurisprudência Fiscal Portuguesa, Coimbra Editora, 2004, pág.172 e seg.).
Assim sendo, e quanto aos subsídios relacionados com as vacas aleitantes e os novilhos de engorda, não é posto em crise que a candidatura foi apresentada em 1991 por conta da herança, verificando-se que tais subsídios foram determinados e fixados em 2002 e ainda que tais valores foram escriturados como proveitos do exercício de 1992 da Sociedade B..., Lda.

A partir daqui, e considerando o disposto no art. 18º do CIRC, entende-se que a imputação daquele proveito apenas teria de ser feita no âmbito do exercício 1992, na medida em que o elemento relacionado com o ano de 1991 - a apresentação da respectiva candidatura - é insuficiente para legitimar a posição assumida pela AF, dado que, a existência de um requerimento não significa que a pretensão formulada tenha de ser atendida e nos termos em que é formulada.

Isto significa que, na situação em apreço, não está apenas em causa, como pretende a AF, o facto de os montantes terem sido pagos em 1992, o que está em causa, em termos essenciais, é o facto de só em 1992 a candidatura ter sido apreciada em termos positivos no que diz respeito aos valores definidos, sendo que este elemento é decisivo neste domínio, dado que, o momento da constituição do direito em apreço relaciona-se com a decisão de deferimento da candidatura.

Diga-se ainda que a candidatura em apreço e a sua apreciação positiva está relacionada com uma determinada actividade e não com a qualidade do titular dessa actividade, de modo que, não se compreende a incompreensão que emerge da alegação da FP relacionada com o facto de serem atribuídos subsídios a uma entidade que não existia à data do pedido, na medida em que o subsídio foi pago à entidade que desenvolve a mesma actividade, embora com outro enquadramento jurídico, ou seja, a partir do momento em que a aludida Sociedade assume o controlo da aludida actividade, é como se que a referida candidatura tivesse sido apresentada pela mesma Sociedade, o que significa que a pretensão da Recorrente tem de ser atendida neste âmbito.

No que diz respeito aos custos em matéria de reintegrações e amortizações no ano de 1991, contabilizados e declarados pela referenciada herança, que foram excluídos, enquanto tais, pela Administração Fiscal, cabe notar que a Comissão de Revisão fundamentou a manutenção dessa correcção na norma do art. 7º do Decreto Regulamentar nº 2/90, de 12 de Janeiro, por entender que este normativo não admite as amortizações no ano da cessação da actividade quando o contribuinte no ano de início de utilização não optou pelas reintegrações por duodécimos.

O referido normativo dispõe que:

“Artigo 7.º

Reintegrações e amortizações por duodécimos

1 - No ano de início de utilização dos elementos patrimoniais poderá ser praticada a quota anual de reintegração em conformidade com o disposto nos artigos anteriores ou uma quota de reintegração ou amortização, deduzida dessa quota anual, correspondente ao número de meses contados desde o mês da entrada em funcionamento desses elementos.

2 - No caso referido no número anterior, no ano em que se verificar a transmissão, a inutilização ou o termo de vida útil dos mesmos elementos nas condições da alínea b) do n.º 2 do artigo 3.º, só serão aceites reintegrações e amortizações correspondentes ao número de meses decorridos até ao mês anterior ao da verificação desses eventos.

3 - A quota de reintegração e amortização que poderá ser aceite como custo do exercício é determinada ainda tendo em conta o número de meses em que os elementos estiveram em funcionamento nos seguintes casos:

a) Relativamente ao exercício de cessação da actividade motivada por a sede e a direcção efectiva deixarem de se situar em território português, continuando, no entanto, os elementos patrimoniais afectos ao exercício da mesma actividade através de estabelecimento estável aí situado;

b) Relativamente ao período de tributação referido na alínea d) do n.º 4 do artigo 7.º do Código do IRC;

c) Quando seja aplicável o disposto na alínea b) do n.º 3 do artigo 62.º do Código do IRC relativamente ao número de meses em que, no exercício da transmissão, os elementos estiveram em funcionamento nas sociedades fundidas ou cindidas e na sociedade para a qual se transmitem em consequência da fusão ou cisão;

d) Relativamente ao exercício em que se verifique a dissolução da sociedade para efeitos do disposto na alínea c) do n.º 2 do artigo 65.º do Código do IRC.”.

Por seu lado, o art. 23º nº 1 do CIRC, na redacção aqui aplicável, prevê como custos ou perdas as reintegrações, sendo que, nos termos do nº 6 do art. 29º do mesmo diploma “os contribuintes poderão optar no ano de início de utilização dos elementos por uma taxa de reintegração ou amortização deduzida da taxa anual, em conformidade com os números anteriores, e correspondente ao número de meses contados desde o mês de entrada em funcionamento dos elementos, referindo o seu nº 7 que “no caso referido no número anterior, no ano em que se verificar a transmissão, a inutilização ou o termo de vida útil dos mesmos elementos, só serão aceites reintegrações e amortizações correspondentes ao número de meses decorrido até ao mês anterior ao da verificação desses eventos.”.

Em função das normas agora descritas, entende-se que assiste razão ao Recorrente, pois que, tal como se refere na decisão a que alude o Recorrente, a única conclusão que é possível extrair é a de que, no ano de transmissão dos elementos do imobilizado, são aceites, como custo, reintegrações e amortizações, embora apenas as correspondentes ao número de meses decorrido até ao mês anterior ao da transmissão, o que significa que o discurso da AF não tem suporte legal com referência ao facto de, no ano da transmissão dos elementos do imobilizado, não haver lugar, pura e simplesmente, a amortizações ou reintegrações.

Diga-se ainda, tal como se aponta na decisão a que o Recorrente alude nos autos, que as reintegrações e amortizações que não são aceites como custo são apenas aquelas que estão previstas no art. 32º do CIRC e no seu elenco não consta a situação aqui, além de que a al. c) do nº 1 do citado art. 32º refere que não são aceites como custos as reintegrações que excedam os limites estabelecidos nos artigos anteriores.

Por outro lado, seria manifestamente injusto e colidiria até com o princípio constitucional da tributação pelo lucro real a não consideração das amortizações e reintegrações pela única razão da ocorrência da transmissão dos bens, sobretudo em situações, como a dos autos, em que essa transmissão ocorreu no último dia do exercício, o que significa que também aqui tem de proceder a pretensão do Recorrente.

Ora, com a anulação da liquidação adicional em referência, com todas as consequências legais, o Recorrente reclama o pagamento de juros indemnizatórios.
Segundo o disposto no nº 1 do artigo 43º da LGT, «São devidos juros indemnizatórios quando se determine, em reclamação graciosa ou impugnação judicial, que houve erro imputável aos serviços de que resulte pagamento da dívida tributária em montante superior ao legalmente devido», o que significa que o direito a juros indemnizatórios depende da existência de um erro, de facto ou de direito, imputável aos serviços, de que tenha resultado o pagamento da dívida tributária em montante superior ao legalmente devido, ou seja, a lei quis somente relevar, para efeito de pagamento de juros indemnizatórios, o erro que tenha levado a Administração Tributária a uma ilegal definição da relação jurídica tributária do contribuinte, não relevando, assim, os vícios que, ferindo, embora, de ilegalidade o acto, não impliquem uma errónea definição daquela relação, não impliquem a existência de uma liquidação superior à legalmente devida (como acontece com os vícios formais ou procedimentais).
Na verdade, o reconhecimento judicial de um vício formal nada diz ou revela sobre a relação jurídica fiscal e sobre o carácter indevido da prestação tributária face às normas substantivas, pois que se limita a exprimir a desconformidade com a lei do procedimento adoptado para a declarar, não implicando, pois, a existência de um vício na relação jurídica tributária, nem a existência de um juízo sobre o carácter indevido da prestação pecuniária cobrada pela Administração.
Assim sendo, e na medida em houve erro imputável aos serviços para efeitos no disposto no art. 43º nº 1 da Lei Geral Tributária, que levam ao pagamento de juros indemnizatórios sobre os montantes de imposto pagos, calculados desde a data em que o Impugnante efectuou o respectivo pagamento do imposto até à data em que vier a ser emitida a respectiva nota de crédito, em conformidade com o disposto no artigo 61º nº 3 do CPPT.